基于转录组测序的方斑东风螺单核苷酸多态性位点挖掘及功能注释
2021-02-03刘付柏许尤厚黄宝松王忠良
王 菁,刘付柏,许尤厚,黄宝松,王忠良
(1.广东海洋大学水产学院,广东 湛江 524088;2.广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室,广西 钦州 535000)
方斑东风螺 (Babylonia areolata) 俗称花螺,隶属于软体动物门腹足纲蛾螺目,有生长速度快、养殖周期短、肉味鲜美、软体部不饱和脂肪酸含量丰富、经济价值高、便于运输等优点[1-3]。随着方斑东风螺养殖的快速发展,养殖过程中生长缓慢、病害暴发等问题日益突出,须通过遗传改良、病害防控、饲料营养优化等解决,其中遗传改良对促进东风螺养殖产业健康持续发展有现实意义[4-5]。
单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)是指因单个核苷酸变异引起的DNA 序列多态性,是一种常见的基因突变[6-7]。SNP标记为第3 代分子标记技术,与限制性片段长度多态(restriction fragment length polymerphisms,RFLP)、微卫星多态(microsatellite polymorphisms)相比,在基因组中位点丰富,代表性强,遗传稳定,可自动检测,有低成本、高效率的优点[8-10],因而广泛应用于水产动物研究[11-18]。
随着高通量测序技术的快速发展,转录组测序成本大幅下降,利用比较转录组学方法和序列比对识别大量的SNP位点已逐渐成为一种趋势。目前,已对栉孔扇贝(Chlamys farreri)[19]、马氏珠母贝(Pinctada fucata)[20]、波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)[21]、曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)[22]、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)[23]、大菱鲆(Scophthalmus maximus)[24]、大口黑鲈(Micropterus salmoides)[25]、凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)[10,26]等SNP位点进行多态特征分析,但未见关于方斑东风螺SNP位点的研究。通过转录组测序技术,结合所测物种基因组信息,更易找到与目标性状相关的SNP[27-28]。本研究通过对方斑东风螺转录组的深度测序分析,筛选出大量SNP位点,并对这些SNP所在基因进行功能注释,为方斑东风螺的抗病及育种研究提供基础数据。……
