RNA-seq技术分析宫颈癌与癌旁组织差异表达基因效果
2021-01-29黄树峰武艳玲
谯 敏 黄树峰 武艳玲
广东省深圳市南山区蛇口人民医院妇科 518000
在妇科病恶性病变中宫颈癌是最常见的一种,诱发宫颈癌的高危因素是人乳头状瘤病毒(HPV)感染,但仅会在HPV持续感染致使细胞基因组出现异常后,方可最终诱发宫颈癌[1-2]。此次研究收集2019年7月—2020年6月本院收治的3例确诊为宫颈癌的患者,拟通过RNA-seq技术对宫颈癌及癌旁组织转录组进行分析,甄别出存在差异表达的基因,并进一步对与差异表达基因相关的融合基因、信号通路进行深入分析,进而明确宫颈癌的发病机制及特异分子标志物,为临床治疗及相关药物研究提供一定参考,报道如下。
1 资料和方法
1.1 一般资料 选取2019年7月—2020年6月本院收治的3例确诊为宫颈癌的患者为分析对象,患者术前未接受药物治疗及放化疗治疗,病理学检查结果为宫颈癌ⅡB期,术后取宫颈癌及癌旁组织放置在RNA保存液中保存,其中癌旁组织与癌灶边缘距离在3cm以上。
1.2 提取RNA与质检 严格按照操作说明书通过QIAGEN微量RNA提取试剂盒进行宫颈癌及癌旁组织RNA提取,RNA完整性及纯度通过琼脂糖凝胶电泳法进行分析,RNA纯度应用Nanodrop检测,RNA浓度通过Qubit2.0予以精确定量,RNA完整性应用Agilent2100予以精确检测[3]。
1.3 构建文库与测序 真核生物mRNA应用Oligo磁珠富集,将fragmentationbuffer加入其中打断mRNA为短片段,mRNA为模板,通过六碱基随机引物合成一链cDNA,将DNA polymerase I、dNTPs、RNase H、缓冲液加入合成二链cDNA,通过A MPure XP beads 进行双链cDNA纯化。然后对纯化后的双链cDNA先行末端修复,再通过A MPure XP beads选择片段大小。PCR扩增并通过A MPure XP beads对PCR产物纯化,获得文库。……
