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基于TCGA数据集分析CDCA5在肺腺癌中的临床意义与分子机制

2021-01-13王萍黄奔范维柳家翠程庆元段怡萍陈梁玥马甜甜喻明霞

分子诊断与治疗杂志 2020年12期
关键词:肺癌数据库分析

王萍 黄奔 范维 柳家翠 程庆元 段怡萍 陈梁玥 马甜甜 喻明霞★

肺癌是常见的恶性肿瘤之一,研究表明,超过半数的肺癌患者在中晚期才被确诊[1]。肺癌主要包括两种组织性类型:小细胞肺癌和非小细胞肺癌,其中肺腺癌是非小细胞肺癌中诊断最多的组织学亚型[2]。尽管在研究发病机制和治疗方法方面取得了一定的进展,肺腺癌仍然是最具侵袭性和最迅速致命的类型,其5年生存率低于20%[3]。细胞分裂周期相关5(cell division cycle associated 5,CDCA5)是在细胞分裂周期中姐妹染色单体结合和分离所必需的主要调节因子[4]。CDCA5保证了减数分裂细胞和有丝分裂细胞中染色体的精确分离,在DNA 修复中起着重要的作用[5]。研究发现,CDCA5与肿瘤的发生发展密切相关。CDCA5被证实在乳腺癌、胃癌、结直肠癌等癌症中异常表达,且与癌症患者的预后相关[6-8]。然而,关于CDCA5在肺腺癌中的表达、临床意义、预后以及分子机制目前尚无研究报道。因此,本研究通过数据挖掘癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库,分析CDCA5在肺腺癌中的表达,探究CDCA5在肺腺癌中的表达与患者临床病理特征的联系,结合患者的生存资料分析其预后价值,探索其在肺腺癌中的分子作用机制。

1 材料与方法

1.1 数据资料的下载与处理

在TCGA 数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)上下载535 例肺腺癌样本和59 例正常肺组织样本RNA 测序数据(HTSeq-FPKM,level 3)。使用R 3.6.1 软件将基因表达数据归一化处理,再进行log2转化用于后续分析。利用R 3.6.1 软件提取肺腺癌样本和正常肺组织样本中CDCA5mRNA 的表达量用于分析比较表达水平差异。此外,在TCGA数据库中下载肺腺癌患者的临床资料,包括患者的年龄、性别、生存时间、生存状态、T 分期、N 分期、M 分期、stage 分期。……

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