hsa-miR-216a-5p的靶基因及调控网络的生物信息学分析

2020-06-30张运峰董建悦

唐山师范学院学报 2020年3期

关键词：数据库分析

马亮，张运峰，董建悦，胡芬

生命科学与技术

hsa-miR-216a-5p的靶基因及调控网络的生物信息学分析

马亮1，张运峰2，董建悦2，胡芬1

（1. 华北理工大学生命科学学院，河北唐山 063210；2. 唐山师范学院生命科学系，河北唐山 063000）

利用miRBase、生物信息工具bioinfo和TargetScan7.2、miRDB、miRDIP和miTarBase四个数据库获取了八个物种的miR-216a-5p成熟序列、表达谱数据和129个靶基因。对靶基因集合进行GO、KEGG分析，结果显示hsa-miR-216a-5p主要富集在转录DNA模板、转录生长因子beta受体信号通路、蛋白稳定化等10个生物过程（P<0.01），泛素蛋白连接酶活性、SMAD蛋白结合、蛋白泛素化等4个分子功能（P<0.01）以及糖尿病、内吞作用、TRF通道的炎性介质调节等5个KEGG通路中（P<0.05）。借助构建PPI蛋白互作网络，从129个靶基因中筛选出了PTEN、SIRT1、TGFBR2等10个关键基因。

hsa-miR-216a-5p；靶基因；生物信息

miRNA（microRNA）是一类广泛存在于动植物和某些病毒体内长度为22nt左右的单链非编码RNA分子，通过结合靶mRNA的3’UTR区阻止其翻译或促进其降解而发挥功能[1]。miRNA具有高度的序列保守性，从而能够广泛调节多种生命活动。miR-216a-5p在多种癌症的发生发展中具有调控作用。在肝细胞癌（HCC）的发生过程中，mR-216a-5p可通过JAK2靶向抑制癌细胞的增殖和侵袭[2]，通过下调MMP16抑制肺癌细胞的侵袭[3]，也能以PAK2为靶基因实现对膀胱癌细胞增殖和凋亡的调控[4]，另外还可抑制HMGB1的表达从而抑制胃癌细胞的增殖和迁移[5]。

到目前为止，hsa-miR-216a-5p众多靶基因尚不十分清楚。本研究拟采用生物信息学的方法利用公共数据库对hsa-miR-216a-5p进行靶基因预测，并采用DAVID网站对获得靶基因集合进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，利用STRING数据库和Cystocape 3.7.1软件构建蛋白互作网络并筛选出关键基因，为进一步深入分析hsa-miR-216a-5p的功能提供参考依据。