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广地龙特异性引物序列的设计及其混伪品的鉴别

2020-05-29张前程文红梅刘娜袁琪刘睿崔小兵李松陈盛君

南京中医药大学学报 2020年3期
关键词:条带特异性药材

张前程,文红梅,刘娜,袁琪,刘睿,崔小兵,李松,陈盛君

(1.南京中医药大学药学院,江苏 南京 210023;2.江阴天江药业有限公司,江苏 江阴 214434)

地龙为常用动物类中药,2015年版《中国药典》收载地龙为钜蚓科动物参环毛蚓Pheretimaaspergillum(E. Perrier)、通俗环毛蚓Pheretimavulgaris(Chen)、威廉环毛蚓Pheretimaguillelmi(Michaelsen)或栉盲环毛蚓Pheretimapectinifera(Mkhaeken)的干燥体。前一种习称“广地龙”,后三种习称“沪地龙”[1]。地龙具有清热定惊,通络,平喘利尿的功效[2-4]。现代研究表明,地龙还有降压[5]、抗癌[6-9]、抗凝血[10]、抗氧化[11-13]、抗肝纤维化[14]等作用。市场上流通的地龙药材主要为广地龙,广地龙体长、药材加工精细,药理活性显著,临床应用广泛[15]。以其为原料药的中成药有40多个品种,还有广地龙配方颗粒及广地龙汤剂等[16]。广地龙药材与相近物种因形态相似,容易造成品种混杂和掺假现象。广地龙药材的真伪关系着临床用药的有效性和安全性。因此,有必要建立快速准确的特异性物种鉴别方法,以控制广地龙药材的质量。DNA条形码分子鉴定法是利用基因组中一段公认的、相对较短的DNA序列来进行物种鉴定的一种分子生物学技术,是传统形态鉴别方法的有效补充[17-18]。在动物药的鉴别中大多采用通用引物COⅠ序列进行PCR扩增测序,如庞中化等[19]通过COⅠ序列对全蝎及其混伪品进行DNA条形码鉴别;贾静等[20]采用COⅠ序列和ITS序列分别鉴别家蚕和白僵菌。但COⅠ序列不能直接作为特异性引物来区分药材品种,必须对所有的样品进行测序再进行聚类分析构建进化树,成本较高,时间较长。通过设计特异性引物,可省去对扩增产物进行测序、构建进化树等复杂的步骤,操作简便快捷,已用于多种动物药品种的基原鉴定。赵玉洋等[21]通过比较麝香及其混伪品的COⅠ序列,设计出一对约180 bp的麝香微型DNA条形码鉴别引物,对麝香及其混伪品进行测序鉴定;刘富艳等[22]通过比较海龙及其混伪品的COⅠ基因序列差异,根据变异位点设计出刁海龙、尖海龙及拟海龙的特异性鉴别引物,鉴别海龙及其混伪品;陈维明等[23]用12SrRNA序列鉴定了广地龙及其近缘品种;田娜等[24]建立了多重位点特异性PCR鉴别方法区分不同地龙品种。本文前期实验中考察了COⅠ、12SrRNA和16SrRNA 3对引物,结果发现COⅠ序列扩增出的条带更为清晰,利用COⅠ序列对广地龙、沪地龙及其易混品(如海南大腔蚓)等进行PCR扩增和双向测序,通过比对广地龙及其混伪品的DNA测序结果,寻找广地龙的变异位点,设计出广地龙的特异性引物,用于广地龙及其混伪品的鉴定,为广地龙药材的质量评价提供方法。

1 材料

1.1 仪器

PCR扩增仪(伯乐公司,型号:AL110394);电泳仪(伯乐公司,型号:041BR170879);浸没式琼脂糖水平电泳槽[生工生物(上海)股份有限公司,RDY-SP6];化学发光凝胶成像仪(伯乐公司,型号:721BR10360)。

1.2 试药

琼脂糖(批号:4241055);水为屈臣氏超纯水;Ⅰ型核酸染料(批号:20181012);DNA Marker(100~2 000 bp)(批号:E905KA9473);2×Taq PCR Master Mix(批号:20190926);动物DNA基因组提取试剂盒(TSP 201-200,020190120)。通用引物COⅠ以及设计的特异性引物PA-f/PA-r,由南京擎科医药科技有限公司合成。

1.3 地龙样品的采集和品种鉴定

地龙样品及其伪品共计37批次,其中广地龙(参环毛蚓)14批,沪地龙(通俗环毛蚓)6批,沪地龙(威廉环毛蚓)4批,沪地龙(栉盲环毛蚓)3批,海南地龙(大腔蚯蚓)6批。其他的动物品种水蛭,蜈蚣,僵蚕和蝉蜕各1批。

广地龙购于广东、广西,呈长条状薄片,弯曲,边缘略卷,长15~25 cm,宽1~2 cm。全体具环节,背部棕褐色至紫灰色,腹部浅黄棕色;第14~16环节为生殖带,宽0.8~1.5 cm。

沪地龙药典上收载有3种品种,长8~15 cm;宽0.5~1.5 cm。全体具环节,背部棕褐色至黄褐色,腹部浅黄棕色;第14~16环节为生殖带,较光亮。第18环节有一对雄生殖孔。通俗环毛蚓较常见,购于上海、安徽、河南等地,原动物灰青色,背中线深青色,性状鉴定显示其雄交配腔能全部翻出,呈花菜状或阴茎状。威廉环毛蚓购于宿迁泰通地龙养殖基地,原动物性状鉴定显示其雄交配腔孔呈纵向裂缝状。栉盲环毛蚓采集于上海闵行校区,原动物性状鉴定显示其雄生殖孔内侧有1或多个小乳突。

大腔蚓购于海南,呈长条状薄片,弯曲,边缘略卷,长15~35 cm,宽1.0~2.5 cm。全体具环节,背部棕黑色,腹部浅黄棕色;第14~16环节为生殖带,宽1.6~2.2 cm,呈棕黑色。

所有样品由南京中医药大学中药鉴定教研室陈建伟教授鉴定,保存于南京中医药大学药学院药物分析实验室。样品信息详见表1。

表1 地龙及其混伪品的样品信息表

2 方法

2.1 DNA提取

取已用乙醇擦拭的地龙药材,打粉过五号筛,称取药材粉末约40 mg,使用动物DNA基因组提取试剂盒(TSP 201-200,020190120)提取地龙的总DNA。将提取的DNA模板-20 ℃保存。

2.2 通用引物COⅠ序列的PCR扩增及测序

对收集的不同动物药地龙、蜈蚣、水蛭、僵蚕及蝉蜕进行COⅠ序列的PCR扩增。COⅠ序列正向引物LCO1490:5'-GGTCAACAAATCAAGATATTGG-3',反向引物HCO2198:5'-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3'。PCR反应体积25 μL,体系包含2×Taq PCR Master Mix 12.5 μL,正向引物LCO1490(10 μmol/L) 1 μL,反向引物HCO2198(10 μmol/L)1 μL,超纯水H2O 8.5 μL,模板(基因组DNA 50 ng)2 μL。扩增程序:94 ℃变性1 min,55 ℃退火1.5 min,72 ℃延伸1 min(进行35个循环);72 ℃延伸5 min。扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测,电泳仪参数设置:电压140 V,电泳时间90 min。

对各批次广地龙以及其他品种地龙进行测序,委托南京擎科医药科技有限公司完成。

2.3 广地龙特异性引物的设计和PCR扩增条件的优化

根据上述测序结果分析广地龙及其混伪品COⅠ序列的扩增产物,同时使用引物设计软件(Snapgene软件)进行序列比对,寻找正品广地龙及其混伪品的COⅠ基因序列扩增产物的差异,在变异位点较多的基因片段处,设计广地龙的特异性鉴别引物。引物组由南京擎科医药科技有限公司合成。

对影响PCR鉴别特异性的主要因素如退火温度(50、55、60 ℃),循环次数(32、35、38),DNA模板量(3、5、10、30、50、100 ng)以及Taq DNA聚合酶用量(0.625、1.25、2.50 U)进行考察。确定PCR扩增条件后,利用设计的广地龙鉴别引物对收集的药材进行PCR扩增,鉴别广地龙及其混伪品,验证该引物对的特异性。

3 结果

3.1 通用引物COⅠ序列扩增结果

使用动物DNA基因组提取试剂盒提取广地龙及其混伪品沪地龙、海南地龙以及其他物种蝉蜕、蜈蚣等药材的DNA,经琼脂糖凝胶电泳得到PCR扩增电泳图,见图1,扩增效果较好,条带较亮,没有拖尾现象,COⅠ序列扩增产物均在750 bp左右。通用引物不仅不能区分不同品种的地龙,且无法鉴别地龙和其他动物如蜈蚣,蝉蜕等。

3.2 广地龙特异性引物的确定

经测序采用引物设计Snapgene软件,发现正品广地龙及其混伪品的COⅠ基因序列扩增产物的差异,差异最显著的基因片段见图2。设计得到的广地龙特异性引物为PA-f/PA-r,见表2。

表2 广地龙鉴别引物

3.3 PCR扩增条件的确定

使用设计的特异性引物PA-f/PA-r进行PCR扩增,退火温度在50~60 ℃的范围内,广地龙样品均可以获得574 bp左右的条带,沪地龙通俗环毛蚓、威廉环毛蚓、栉盲环毛蚓及大腔蚓均呈阴性,为确保退火温度的稳定,选择55 ℃为适宜的退火温度,见图3A。在此基础上,考察循环次数对PCR鉴别的影响,设置循环次数为32、35、38,结果显示广地龙均可以获得约574 bp的条带,其中循环35次条带更清晰,沪地龙3个品种及大腔蚓均未获得条带,见图3B,故选择循环次数为35次。进一步对PCR反应的DNA模板量进行考察,DNA模板量在3~100 ng广地龙均可以扩增出特异性条带,沪地龙3种品种及大腔蚓均呈阴性,见图3C~D。由图可见,随着DNA模板量的增加,条带的亮度增加,其中3、5 ng的扩增带较弱,适合的DNA模板量为10~100 ng。对25 μL PCR反应体系中的Taq聚合酶的用量进行考察,Taq聚合酶量为0.625~2.5 U,3个酶浓度下广地龙都可获得清晰、明亮的条带,其余样品则呈阴性,见图3E。为了节约成本,最终确定0.625 U为25 μL PCR体系Taq聚合酶的加入量。

3.4 广地龙特异性引物的鉴别结果

确定PCR扩增条件以后对37个批次地龙药材和混伪品进行PCR扩增。采用广地龙特异性引物PA-f/PA-r对14批次广地龙(7批广西产和7批广东产)进行扩增,PCR鉴别图如图4所示;对4批广地龙、6批通俗环毛蚓和4批威廉环毛蚓进行PCR扩增,结果见图5;对3批广地龙、3批栉盲环毛蚓、6批大腔蚓,其他动物(水蛭、蜈蚣、僵蚕、蝉蜕等)进行PCR扩增,PCR鉴别结果见图6。

由图4可见,14批广地龙样品均可扩增出条带,序列长度在574 bp左右,广西产和广东产的地龙条带整齐、清晰,未见明显差异。由图5可见,只有4批广地龙样品呈阳性,可以扩增出清晰条带,大小约574 bp,6批通俗环毛蚓和4批威廉环毛蚓地龙样品呈阴性,无条带扩增;由图6可见,只有3批广地龙可以扩增出条带,3批栉盲环毛蚓、6批大腔蚓地龙样品呈阴性,无条带扩增,水蛭、蜈蚣、僵蚕、蝉蜕其他动物样品也呈阴性。实验结果表明,设计的特异性引物可以区分广地龙及3种沪地龙,也可以区分广地龙及其他动物品种(蜈蚣、僵蚕、水蛭等)。

4 讨论

临床入药的地龙品种大多是广地龙,但是目前市场上地龙品种繁杂,常有广地龙的伪品混入其中,影响临床用药。地龙品种的传统鉴定受到加工方式及程度的影响,性状鉴定要求药材保存完好,药材破损情况下,性状鉴别非常困难,此外还需专业人员和专业的仪器设备才能鉴定。本文设计广地龙的特异性引物,进行广地龙的DNA条形码鉴定,对药材保存要求较低,而且药材用量很少,并且对药材部位没有要求,能提出DNA即可鉴定出是否为广地龙品种。广地龙品种的确定,为地龙临床用药提供了有效的方法。

目前动物药DNA条形码鉴别中,使用的基因片段有COⅠ、16SrRNA和12SrRNA序列,其中COⅠ序列最为常见。在预实验中,对COⅠ、16SrRNA和12SrRNA 3对引物都进行了考察,发现使用COⅠ序列扩增的条带比16SrRNA和12SrRNA序列更清晰。故本文选择COⅠ序列作为地龙药材的扩增引物。本文在COⅠ序列的基础上扩增了广地龙及混伪品,并对PCR扩增产物进行DNA测序,将广地龙及混伪品的DNA序列进行比对,找出差异位点,设计了广地龙的特异性引物PA-f/PA-r。引物是PCR特异性反应的关键,PCR产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。本实验设计的广地龙特异性引物PA-f/PA-r长度为25 bp左右,G+C含量约50%,避免了因G+C太少扩增效果不佳或G+C过多易出现非特异条带的情况。引物3'端的碱基,特别是最末及倒数第2个碱基,严格配对,避免了因末端碱基不配对而导致PCR失败。

酶是PCR扩增的关键因子,酶质量的好坏,浓度的大小直接影响着扩增的效果。本文选择常用的Taq聚合酶,具有耐高温(95 ℃)的特性,酶浓度过高可引起非特异性扩增,浓度过低则合成产物量减少,通过对酶量的考察,确定25 μL PCR反应体系中酶的用量为0.625 U。DNA模板的浓度直接影响扩增的重复性、特异性和扩增的产量。过量的模板导致错配机率增高、非特异性增大,模板太少,扩增产物重复性不佳、难以检出。通过对DNA模板量的考察,最适宜的DNA模板量为10~100 ng。此外,对影响PCR特异性鉴别的其他重要因素退火温度和循环次数等进行了考察,确定了PCR反应适宜的条件范围,最终建立了广地龙特异性PCR鉴别方法。

本论文设计得到的引物PA-f/PA-r具有较好的特异性,可快速、准确地鉴别广地龙基原的真实性,可以区分广地龙和3种品种的沪地龙,也可以准确鉴别广地龙和伪品地龙(海南大腔蚓)及其他动物品种(蜈蚣、僵蚕、水蛭等),为广地龙品种鉴定提供有效方法。

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