前列腺癌细胞核酸适配体支持向量机分类模型
2020-03-21禹新良
分析科学学报 2020年1期
禹新良
(1.湖南工程学院环境催化与废弃物再生化湖南省重点实验室湖南湘潭 411104;2.湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室湖南长沙 410082)
核酸适配体(Aptamer)是单链寡核苷酸,它能结合特定的生物靶标,如蛋白质分子、细胞、病毒[1,2]。与抗体相比,核酸适配体具有许多独特的优势,包括合成简单、体外修饰容易、免疫原性小、易于穿透肿瘤组织等[3,4]。核酸适配体的出现,为探索重大疾病早期诊断及靶向治疗方法开辟了崭新的途径[5,6]。因此,核酸适配体相关技术的研发已经成为化学、生物医学等领域的热点课题。
核酸适配体可采用以细胞为靶标的指数富集配体系统进化(Cell-SELEX)技术获得,从人工合成的DNA/RNA文库中筛选得到,即通过重复的寡核苷酸序列与标靶的吸附分配、寡核苷酸序列与标靶复合物洗脱、回收,以及聚合酶链扩增3个基本步骤,从单链寡核苷酸文库中筛选出能与靶标特异性结合的DNA/RNA适配体[7,8]。
成功的适配体SELEX筛选实验通常循环次数多,且每轮循环操作耗时、耗力、耗材[9]。基于分子构效关系(QSAR/QSPR)模型方法可以用于分子性质的估算,然后将最有希望满足某种性能要求的分子用于实验室的合成与测试[10]。因此,核酸适配体分子构-效关系研究可以节约资源、促进新型适配体开发。每年关于分子构效关系的研究报道超过5 000篇[11],通常这些研究基于的分子参数是直接从研究的分子体系计算而得。由于核酸适配体实验数据的缺乏,尤其是核酸适配体分子结构参数提取的困难,目前对核酸适配体开展构-效关系研究的报道极少。……
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