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转运RNA及其相关片段与肿瘤关系的研究进展

2018-12-30陶恩威高琴琰

癌症进展 2018年5期
关键词:前体编码调控

陶恩威,高琴琰

上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科,上海200001

肿瘤是指机体在各种致瘤因素下,局部组织细胞增生所形成的赘生物,在某些情况下会发展成为恶性肿瘤,严重危害人类的健康。但肿瘤的发生发展过程极为复杂,目前普遍认为与癌基因、表观遗传学、非编码RNA、微环境、免疫及细胞代谢等有着密切的关系。近年来,越来越多的研究表明非编码RNA在肿瘤发生发展、诊断及治疗中有着重要作用,特别是微小RNA(microRNA,miRNA)[1]和长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)[2]。随着研究的深入,转运RNA(tRNA)及其相关片段作为一类新型的小分子非编码RNA,也逐渐受到人们的关注。人们发现这类小分子RNA与人类疾病密切相关,特别是在肿瘤中发挥着重要的调控作用。因此,本文根据最新的一些研究,着重论述tRNA及其相关片段与肿瘤之间的关系。

1 tRNA及其相关片段的产生

tRNA长度为74~93个核苷酸,占细胞核内总RNA的4%~10%,通常被认为是蛋白质翻译过程中氨基酸的转运体,但是越来越多的研究发现tRNA及其相关片段与组织氧化应激损伤[3]、肿瘤的发生发展[4-5]、神经系统病变[6]、感染[7]等都有着密切的关系。

在人类基因组中,有513种编码tRNA的基因,可以编码49种同工tRNA[8]。在真核细胞中,RNA聚合酶Ⅲ在核内通过识别tRNA基因区上特定序列进行转录形成前体tRNA,然后经过复杂的剪切加工、碱基修饰及构型改变形成具有“三叶草”特殊结构的tRNA[9]。核内成熟的tRNA进入细胞质,在同源氨基酰-tRNA合成酶的催化下,结合相对应的氨基酸,并在延伸因子eEF1(原核生物为EF-Tu)的作用下进入核糖体,识别特定mRNA上的密码子,然后将携带的氨基酸转移到肽链上[10],完成其在蛋白质合成过程中“适配器”的重要功能。

tRNA相关片段在很长一段时间内被人们认为是tRNA形成过程中的副产品,但随着基因技术的高速发展和深入研究,其潜在生物学功能逐渐显现出来,并且越来越受到关注。目前研究认为,tRNA相关片段来源于前体tRNA或成熟tRNA在特定的情况下被特异性核酸内切酶剪切后的产物,主要可分为两类:半tRNA halves,tiRNA(tRNA)和小tRNA片段(small tRNA fragments,tRF)[11]。这些小分子RNA片段类似于miRNA、环状RNA(circRNA)、Piwi-interacting RNA(piRNA),在细胞的生命活动中,具有一定的调节作用,甚至有些小分子在过去一直被误认为是miRNA,例如miRNA-1274、miRNA-1280、miRNA-720等[12]。

tiRNA是在多种应激条件下,由特定的核糖核酸酶(血管生成素,酵母中称为RNY1)对成熟tRNA的反密码子环特异性切割产生,其长度为29~50个核苷酸,且根据tiRNA序列的特点,可分为2个亚类:3'tiRNA、5'tiRNA[13]。tRF是各种核糖核酸酶(RNase、Dicer等)对tRNA作用的产物,相比于tiRNA,长度稍短,长度为14~30个核苷酸,可分为3个亚类:tRF-1、tRF-3、tRF-5[14]。来源于前体tRNA的3'-UTR区、3'末端含有多聚U序列的tRF称为tRF-1;来源于成熟tRNA 3'端到TψC环附近的tRF称为tRF-3,由于TψC环上酶切位点差异,tRF-3可以继续分为tRF-3a、tRF-3b;来源于成熟tRNA 5'端到D环附近的tRF称为tRF-5,由于D环上酶切位点差异,tRF-5可以继续分为tRF-5a、tRF-5b、tRF-5c[15];有学者认为还存在第四类tRF小分子:内部tRNA片段(i-tRF),不同于之前的三类,其主要来自成熟tRNA的中间区域,包含反密码子环[16]。

2 tRNA与肿瘤

tRNA最初被人们认为只是作为“适配器”单纯地参与基因表达,而不对其进行调控,但是近些年来,大量的研究表明,tRNA的含量在正常组织与肿瘤组织间存在明显的差异,这可能表示tRNA的表达水平与肿瘤有密切的关系。Pavon-Eternod等[4]利用基因芯片技术,发现乳腺癌组织细胞核和线粒体中tRNA的表达水平相较于正常乳腺组织均明显升高;Zhou等[17]也利用同样的技术,发现多发性骨髓瘤细胞中tRNA的表达水平高于正常骨髓细胞。这些在肿瘤中异常表达的tRNA引起了科学家们的广泛关注,它们是否是肿瘤发生的原因?其具体的作用机制又是如何?

研究发现,tRNA会影响细胞的生命代谢甚至导致肿瘤的发生和转移。tRNAimet是真核细胞内参与启动翻译的复合物,Pavon-Eternod等[18]发现tRNAimet会影响整个tRNA的表达谱,以及使人乳腺上皮细胞的代谢和增殖能力加强。Ladang等[19]发现在小鼠的大肠癌模型中,延伸复合体3(elongator complex protein 3,ELP3)发挥着重要的作用,进一步发现ELP3可以使tRNA的34号位点的尿苷发生结构修饰,从而促进蛋白SOX9(Wnt通路相关蛋白)的合成,导致肿瘤的发生。

Birch等[20]发现tRNAimet可以促进黑色素瘤的转移,作用机制可能与整合素α5β1及其构成的翻译起始复合体有关。Delaunay等[21]发现ELP3和CTU1/2可以对tRNA的34号位点的尿苷进行结构修饰,促进原癌蛋白DEK的合成,继而导致原癌基因LEF1的转录增加,最终促进乳腺癌细胞的转移。除此之外,Goodarzi等[5]发现人类乳腺癌中某些tRNA表达水平的上升会导致肿瘤细胞的转移能力增强,究其原因,发现在高转移性细胞组中有两种tRNA:tRNAArgCCG和tRNAGluUUC,无论是在前体tRNA水平还是在成熟tRNA水平都明显高于正常细胞组和低转移性细胞组;而且进一步的机制研究发现tRNAGluUUC可以通过上调EXOSC2和GRIPAP1靶基因促进肿瘤细胞的转移,直接说明了tRNA不仅参与基因的表达,还可以调控基因的表达。

tRNA除了可以促进肿瘤的发生和转移,还可以抑制肿瘤的形成。Zhou等[22]发现tRNASerAAU可以抑制乳腺癌细胞的活力,并促进细胞死亡,另外在肿瘤移植的小鼠体内,tRNASerAAU处理组相比于其他对照组,具有明显的肿瘤抑制作用。tRNASerAAU对肿瘤的抑制作用不同于目前大部分RNA对靶基因的干扰作用,而是通过形成错构蛋白激活细胞凋亡。这一发现为肿瘤治疗提供了新思路。

3 tRNA相关片段与肿瘤

tRNA相关片段是来源于前体tRNA或成熟tRNA在特定情况下被酶切的产物,主要包括tiRNA和tRF两类,目前认为,tRNA的水平与tRNA相关片段水平之间并没有必然的联系[23-24]。在20世纪70年代,tRNA相关片段就被发现存在于肿瘤患者的尿液和血浆中,且水平与肿瘤的进展有一定的相关性[25-27]。现今随着对非编码RNA的研究深入及高通量基因芯片技术的广泛应用,人们发现越来越多tRNA相关片段与人类疾病有关[28-29],并且大量的研究证明了tRNA相关片段与各类肿瘤有着密切的关系。

血管生成素(angiopoietin,ANG)在tiRNA分子形成过程中有着至关重要的作用,且几乎在所有肿瘤中过表达[30-32],因此可以推测tiRNA可能与肿瘤有一定的关系。研究发现,tiRNA中与肿瘤密切相关的主要是5'tiRNA,且在肿瘤的发生发展中具有双重作用。Nientiedt等[33]发现在肾透明细胞癌组织中,某种特异5'tiRNA的表达水平明显下调,且下调程度与肿瘤分期有关。Ⅰvanov等[34]发现5'tiRNA可以促进骨肉瘤细胞内应激颗粒(stress granule,SG)的组装,而应激颗粒具有抑制蛋白合成、诱导细胞修复的功能,因此可以推测5'tiRNA有利于肿瘤细胞抵抗外界不利环境。除此之外,Honda等[35]发现某些5'tiRNA是性激素依赖的产物,可以促进细胞增殖,导致乳腺癌及前列腺癌的发生。Shao等[36]也发现某些5'tiRNA可以促进细胞增殖以及调控细胞周期活动,且其含量与非小细胞肺癌的分期有关。

相比于tiRNA,tRF的分子量更小一些,与肿瘤之间的关系更为密切,且更具有小分子非编码RNA的特性,其含量仅次于miRNA,所以得到人们的广泛关注。tRF可以像miRNA一样,影响靶基因的转录水平,例如:来源于tRNAHis和tRNALeu的两种tRF-3可以直接结合Argonaute2(Ago2)蛋白切割人类内源性逆转录病毒的RNA,从而抑制其复制[37]。tRF主要包括tRF-1、tRF-3、tRF-5三类,且这些小分子在肿瘤的发生发展中也具有双重作用。CU1276来源于tRNAGly,属于tRF-3中的一种。Maute等[38]发现B淋巴瘤细胞中CU1276的表达水平下降,且其可以结合Ago蛋白抑制RPA1基因的表达,而RPA1与DNA的复制及修复有关,即肿瘤细胞可能通过下调CU1276的表达水平,减弱对RPA1基因的抑制作用,从而促进自身的增殖。tRF-1001是一种来自tRNASer前体的tRF-1,在大多数肿瘤细胞增殖过程中高表达,而敲低tRF-1001之后可以发现细胞周期停留在G2期,细胞增殖被抑制,说明tRF-1001可以促进肿瘤细胞的增殖[14]。ts-46、ts-47、ts-53、ts-101都属于tRF-1小分子,来自前体tRNA的特异性酶切产物,与多种肿瘤密切相关。Pekarsky等[39]发现ts-53、ts-101的表达水平在慢性淋巴细胞白血病和肺癌患者中都明显下调,而且它们可以结合Ago和Piwi蛋白,发挥类似miRNA与piRNA的功能。另外,外源性过表达ts-53可以抑制肺癌细胞的增殖。同样,Balatti等[40]发现在所有具有突变基因KRAS和PIK3CA的细胞中,ts-46、ts-47表达水平明显上升,说明这些小分子可能在突变基因致瘤过程中具有重要意义,并且ts-46、ts-47也都可以抑制肺癌细胞的增殖。tRFGln是tRF-5中的一种,Sobala和Hutvagner[41]发现tRFGln可以通过结合mRNA,阻碍蛋白翻译过程,抑制细胞增殖。除了以上3种tRF外,Goodarzi等[42]还发现i-tRFs(tRFGlu、tRFAsp、tRFGly)可以与3'UTR竞争性结合YBX1蛋白,降低原癌基因转录的稳定性及原癌基因蛋白表达水平,从而抑制肿瘤的生长与转移,这一发现为抗肿瘤治疗提供了新思路。

从上述研究发现,tRNA相关片段在许多肿瘤中表达异常,且在肿瘤的发生发展中具有促进和抑制的双重作用,其作用机制可能主要与细胞增殖、细胞周期和基因调控有关,这些都表明了tRNA相关片段与肿瘤有着密切的关系。

4 小结与展望

tRNA及其在特定条件下产生的相关片段具有复杂的生物学功能,在肿瘤等疾病的发生发展中发挥着重要的调控作用。人类细胞中有49种同工tRNA,参与翻译的过程,但其表达谱的紊乱以及tRNA转录后特定位点的修饰可能直接影响蛋白质的合成,从而导致某些肿瘤的发生。此外,某些特定tRNA还可以对基因进行调控。tiRNA与tRF可以直接影响肿瘤细胞增殖,并且作为新型的小分子非编码RNA,具有miRNA以及piRNA相似的特性,可以调控基因的表达,在肿瘤中具有双重调控的作用。

总而言之,tRNA及其相关片段与肿瘤的关系密切,在肿瘤的诊断与治疗中具有潜在的应用价值,但是关于tRNA及其相关片段的研究仍处于初始阶段,其机制不是十分明确,有待进一步研究。

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