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PCR过程中生成引物二聚体回收再利用的研究

2018-10-24陈琪刘晓峰

江西医药 2018年8期

陈琪,刘晓峰

(江西省九江市第一人民医院,九江 332000)

在聚合酶链式反应 (Polymerase Chain Reaction,PCR)过程中,引物的 3’端不依赖模版相互作用生成大量非特异性产物,尤其是引物二聚体[1]。有研究报道,在两引物的3’端只要有一个碱基互补配对,30个循环即可生成引物二聚体[2]。许多实验通过引物的优化设计、控制反应条件、热启动和酶的优化等方法来减少引物二聚体的生成[3,4],但引物浓度较高时,这些方法不能减少引物二聚体的生成。因此,引物二聚体被认为是PCR反应过程中的必然产物,严重干扰实时荧光定量PCR、反转录酶-聚合酶链式反应 (reverse transcriptionpolymerase chain reaction,RT-PCR)等实验结果[5-7]。然而引物二聚体是否具有一定的功能,纵观国内外文献却鲜有报道。本实验组利用粉尘螨1类变应原基因的重组质粒pET28a(+)-ProDer f 1为模版,以ProDer f 1特异性引物形成的二聚体为引物进行PCR扩增,成功扩增出ProDer f 1基因,验证了回收的引物二聚体依然具有特异性引物的功能,现将详细结果报告如下。

1 材料与方法

1.1 材料

1.1.1 质粒、菌株和引物 含有粉尘螨1类变应原基因的重组质粒pET28a(+)-ProDer f 1和大肠埃希菌 (Escherichia colin,E.coli)DH5α 感受态细胞本实验室自制并保持;根据GenBank公布的ProDer f 1(AB034946.1)基因序列设计特异性引物,ProDer f 1-F:TATGGATCCCGTCCAGCTTCAAT CAAAACT,ProDer f 1-R:GGCCTCGAGTCACATG ATTACAACATATGG,理论扩增出目的基因为912bp。

1.1.2 主要试剂和仪器 SK2072即用PCR扩增试剂盒 (Taq)、SanPrep柱式 DNA胶回收试剂盒、SanPrep柱式PCR产物纯化试剂盒、250bp DNA Marker(SM0311)、50bp DNA Marker(BSM0371)均购自生工生物工程 (上海)有限公司;ABI2720型PCR仪、Beckman高速冷冻离心机、Bio-Rad水平电泳仪、SYNGENETM凝胶电泳成像分析系统。

1.2 方法

1.2.1 引物二聚体的生成与回收 生成引物二聚体PCR 体 系 (27μl):10 ×PCR Buffer 2.5μl,MgCl2(25mmol/L)2μl,dNTPs (2mmol/L)2.5μl,ProDer f 1正、 反向引物各 0.5μl,Taq DNA 聚合酶(5U/μl)0.5μl,ddH2O 18.5μl,蘸取含有 pET28a(+)-ProDer f 1的阳性菌落吹打混匀。……

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