于岸洲 彭冠华

摘 要：细胞骨架是细胞的重要结构之一，它在维持细胞形态、物质运输与细胞分裂中都有重要作用。因为细胞骨架蛋白属于高表达的蛋白，在植物中任何部位，都有表达。细胞骨架对植物的抗逆可能具有重要作用。本文利用大数据挖掘方法，通过聚类分析、主成分分析算法挖掘出两个不同源细胞骨架基因具有相似的表达模式，初步得出这两个基因在响应干旱胁迫中具有相似功能。

关键词：细胞骨架基因；干旱胁迫；表达模式；聚类分析；主成分分析

中图分类号：R96 文献标识码：A 文章编号：1671-2064（2018）14-0214-02

1 实验背景介绍

细胞骨架是细胞的重要结构之一，它在维持细胞形态、物质运输与细胞分裂中都有重要作用。细胞骨架中微丝与微管的聚合与解聚，二者分别结合不同的结合蛋白，具有不同的功能。所以，为了探究在植物的逆境生长中细胞骨架基因及其相关基因在逆境中的功能，我们在NCBI的Gene Expression Omnibus（GEO）Database数据库中找到了GPL15008平台做的Daytime soybean transcriptome fluctuations during water deficit stress（大豆转录组在白天的缺水胁迫下波动）的数据。将此数据下载后，于R软件中转换为TXT格式[2]。用于分析。该平台通过用Illumina技术对36个cDNA文库进行测序，鉴定了在大豆植物中差异表达的基因，以应答水缺乏和在一天的不同时期上调或下调的基因。在54，175个预测的大豆基因（Glyma v1.1）中，35.52%在24小时期间表现出表达振荡。所以目标在于从Phytozome V11.0数据库中找到已知的确定的编码细胞骨架的基因，以这些已知基因为基础，找到下载的数据中包含的这些已知基因。……