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国内猪群中博卡病毒的感染现状

2018-08-09徐国栋峰吴敏秋

中国猪业 2018年7期
关键词:猪群基因型阳性率

徐国栋 李 峰吴敏秋

(1天津市动物疫病预防控制中心,天津 300402;2硕腾 (上海)企业管理有限公司,上海 200050;3江苏农牧科技职业学院,江苏泰州 225300)

猪博卡病毒(Porcine Bocavirus,PBoV)是细小病毒科、细小病毒亚科、博卡病毒属成员,最早于2009年在瑞典断奶后多系统消耗仔猪综合征患猪体内发现。截止到2017年,至少有11个国家的猪群感染了PBoV[1]。但到目前为止,受制于难以筛选到适合该病毒生长的细胞系等原因,对该病毒的研究进展仍较缓慢,且在病毒基因分型方面,尚无一种公认或标准的分型方法。国际病毒分类委员会(ICTV)根据PBoV NS1基因核苷酸同源性将已获得的PBoV分为5个基因型(PBoV1~PBoV5)[1-3],郝飞等[3]则将 PBoV分为 7个基因表型(PBoV1-5、PBoLV、PPV4)。在 PBoV的 5个基因型中,PBoV1(最初因缺乏全基因序列而暂称博卡样病毒,PBoLV)发现于瑞典PMWS仔猪组织中;PBoV2(也称猪细小病毒4型,PPV4)分离于美国患PCV2病猪肺泡灌洗液中;PBoV3、PBoV4(也称6V和7V)分离于中国健康仔猪粪便中;PBoV5分离于中国香港患腹泻仔猪粪便中[2,4-8]。在国内,系统调查猪群中PBoV感染率的文献较少,本文旨在通过相关文献的综合分析,明确国内猪群中的PBoV感染概况,以对广大研究者有所帮助。

1 方法

1.1 数据录入方法

下载中国知网中关于核酸检测国内猪群PBoV感染的调查文献,剔除内容重复的文献,按被检样品抽取年份依次在表格中录入相关信息,包括:采样时间(年份)、采样地点、被检猪群种类、被检样品种类、被检样品数量、样品阳性率、调查者和引用文献。其中凡能区分PBoV基因型的录入基因型相关数据。

1.2 统计方法

用Microsoft Office Excel工作表对原始汇总表中数据进行以下统计:(1)引用数据的文献篇数和摘录的信息条目数量。(2)被检样品的4类属性。分别对取样时间、取样地点、被检猪群种类、被检样品种类进行频次统计。(3)样品阳性结果。分别对样品相关属性频次、阳性率结果进行统计。

2 结果

2.1 汇总结果

汇总结果见表1,表中特殊符号的说明如下:(1)时间栏中:以采样年份为时间节点,其中“*”指以投稿时间或论文发表时间为假定采样时间。(2)地点栏中:以省份为采样地点,其中Ad1包括京、冀、豫、鲁、苏、浙、沪、湘、鄂、赣、粤、桂、黔、新;Ad2包括皖、闽、桂、豫、鄂、苏、赣、鲁、沪、浙;Ad3包括鄂、湘、皖;Ad4包括豫、鲁、辽;Ad5包括鄂、湘、豫;Ad6包括甘、青;Ad7包括京、津、冀;“?”表示所载地点不详。(3)猪群栏中:“A”指文献中未记载是否外观正常的健康猪或病猪群。如被记载为猪或仔猪的猪群;“B”指混合了外观健康或发病猪的猪群。如被记载为健康猪和发病猪的猪群;“C”指外观健康的猪群。如被记载为屠宰猪、健康猪等的猪群;“D”指发生疾病的猪群。如被记载为腹泻仔猪、发病猪、PMWS猪的猪群。(4)样品栏中:“a”指组织或体液。包括脾、肾、心、肝、肺、淋巴结(除肠道淋巴结外)、血清、鼻分泌物、精液等;“b”指不能区分被检样品是否混合了组织或体液、肠道相关组织和粪便的病料;“c”指肠道相关组织及粪便;“d”指组织或体液、肠道相关组织和粪便的混合物病料;PBoV′/基因型中的PBoV′指不区分PBoV基因型的调查,以区别于本文中PBoV(猪博卡病毒)的本意。

2.2 信息条统计结果

表1中共引用了23篇文献的相关数据,共录入信息91条。调查者对样品采用的检测方法包括PCR、多重PCR、荧光(定量)PCR等,所扩增目的基因包括PBoV 的 VP1、NS1、ORF1和 VP1、VP1/2、VP3/4/5、部分或全部基因序列。

2.3 被检样品属性统计结果

对于采样年份(信息条频次),统计频次按时间顺序排列如下:2001—2012年(1)、2006年(3)、2007年(2)、2008年 (2)、2009年 (12)、2010年 (14)、2010—2011年 (2)、2011年 (4)、2012年 (9)、2013年 (4)、2013—2014年 (14)、2014年 (4)、2014—2015年 (1)、2015年 (15)、2016年 (3)、2017年(1);对于采样地点(采样频次),除4条信息所载地点不详外,共有25个省(市)总频次为252,按频次降序排列如下:豫(26)、沪(25)、鄂(21)、苏(18)、鲁 (17)、浙 (16)、赣 (16)、桂 (14)、冀(13)、皖 (13)、湘 (13)、京 (11)、闽 (9)、粤 (8)、新 (7)、黔 (6)、津 (5)、? (4)、辽 (3)、川 (3)、吉(2)、滇 (2)、黑 (1)、渝 (1)、甘 (1)、青 (1)。样品中PBoV或其基因型的属性分布及阳性率统计结果见表2。被检样品采样时间在2001—2017年间16个时间段中,频次较高的为2009年、2010年、2012年、2013—2014年、2015年;25个省份中,频次较高的有豫、沪、鄂、苏、鲁、浙、赣、桂等;91频次的猪群种类中,外观健康猪群和发病猪群频次较高,其信息条数分别为48、25,其样品阳性率分别为39.62%(800/2 019)和22.81%(976/4 279),即发病猪群样品阳性率高于外观正常猪群;91频次样品种类中,组织或体液和肠道相关组织及粪便两类样品频次较高,其信息条数分别为35、26,其样品阳性率分别为14.96%(639/4 270)和42.24%(1 108/2 623),即组织或体液样品阳性率低于肠道相关组织及粪便阳性率。

其中PBoV′样品数为全部样品总量的56.45%(4 988/8 837),其属性中D和C猪群种类频次较高,频次比率分别为该类样品频次的61.29%(38/62)和35.48%(22/62);PBoV′样品中a和c类频次较高,频次比率分别为该类样品频次的41.94%(26/62)和22.58%(14/62),可以认为PBoV′样品这两个属性的频次分布规律与总体样品频次分布规律一致。

2.4 样品阳性率统计

从表1汇总统计得出:不同文献调查结果的样品阳性率结果范围在0~88.98%;从表2统计的PBoV′或PBoV基因型的平均阳性率结果得出:PBoV3/4/5的平均阳性率(42.58%)最高,PBoV2的平均阳性率(12.16%)最低。

被检样品数量统计中,PBoV′、PBoV2相关样品被检测数量较多,分别占全部检测样品数量的56.45%(4 988/8 837)、14.43%(1 275/8 837)。

将PBoV′样品阳性率的12个时间节点(因刘萌萌[7]调查结果时间跨度较大,故略去)中的阳性率汇总成表3,并绘制图1,可以看出,2009年后猪群中PBoV′的阳性率呈逐渐升高趋势,并在2016年达到高峰。

表2 样品中PBoV或其基因型的属性分布及阳性率统计

3 结论

当前,PBoV的分型尚无统一标准,这影响了该病毒病原学及其相关疾病的防治研究,郑晓文[8]曾用系统进化关系将PBoV分为G1、G2和G3基因群组,利用单重实时荧光PCR对2013—2014年间的227份临床样品检测发现:三个基因群组的阳性率分别为17.2%(39/227)、29.1% (66/227) 和 44.5% (101/227)。但更多调查者还是对猪群PBoV′或PBoV不同基因型感染状态进行了调查,笔者在23篇以核酸检测样品的调查文献中共收集到91条相关信息,自2001—2017年(16个时间),采样地点至少源于25个省份(除晋、蒙、琼、藏、陕、宁、港、澳外)中,样品总体阳性率区间在0~88.98%,总体平均阳性率为24.39%(2 155/8 837),但因同一样品可能被调查者检测了不同基因型,因此猪群实际感染率应低于24.39%。

图1 PBoV'样品阳性率随年份变化图

在调查中,调查者更多采样于豫、沪、鄂等省份;更关注于外观健康猪群和发病猪群的感染状态以及组织或体液、肠道相关组织及粪便中是否存在PBoV;更多地进行了PBoV′、PBoV2的检测,而对其他基因型的检测偏少,但存在多基因型共感染现象。

表3 PBoV′时间-样品阳性率统计表

在调查中,样品的不同属性存在阳性率高低的差异,如取自发病猪群的样品阳性率(39.62%)高于外观健康猪群的样品阳性率(22.81%),肠道相关组织及粪便样品阳性率(42.24%)高于组织或体液样品阳性率(14.96%)。2009年以后,国内猪群PBoV′感染已明显呈逐年上升趋势。

因猪PBoV感染可能与新生仔猪腹泻、断奶后多系统消耗综合征等疾病相关,近年来业界尤为关注。在国内,不同调查者进行了连续16年的调查,但总体样本量偏少,有的基因型检测数量过少(如PBoV3、PBoV4、PBoV5),不能反映出国内猪群总体感染情况,期望有定期的、大范围的横断面调查结果,以便于猪病防治。

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