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尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞白血病表达谱的影响*

2018-07-14荆凌华刘松年马利敏杨海平

中国现代医学杂志 2018年19期
关键词:数据库

荆凌华,刘松年,马利敏,杨海平

(河南科技大学第一附属医院 血液科,河南 洛阳 471023)

慢性粒细胞白血病(chronic myelocytic leukemia,CML)是一种起源于造血干细胞的恶性增殖性疾病,以t(9∶22)(q34∶q11)染色体易位形成的BCRABL融合基因为主要特征,该基因编码的BCR-ABL融合蛋白可以持续性活化酪氨酸激酶活性。酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor, TKI)伊马替尼作为首个上市的分子靶向药物,能够抑制BCR-ABL蛋白激酶,在CML的靶向治疗方面取得很好的效果。然而随着临床的广泛应用,部分患者出现耐药性。伊马替尼耐药性是由多种机制引起的,其中BCR-ABL激酶的点突变是最常见的耐药机制[1-2]。第2代TKIs尼洛替尼和达沙替尼等能够克服大部分突变体产生的耐药性,但对T315I突变型BCR-ABL激酶引起的耐药无效,已有多项研究表明,尼洛替尼能够安全有效地治疗伊马替尼耐药或不耐受的CML患者,表现出很好的应用前景[3-5]。本研究从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)中下载尼洛替尼和伊马替尼处理后CML细胞的基因表达谱数据,筛选出因TKIs处理而改变的差异基因并进行生物信息学挖掘,阐明TKIs对CML基因表达和功能的影响以及分子机制,为白血病的靶向治疗提供基础。

1 材料与方法

1.1 材料

从在线GEO数据库中下载GSE19567数据集,该数据集由Bruennert D和Neumann F提交,包含12个样品的表达谱芯片数据(GSM487683-GSM487694)。实验设计方案为CML细胞系K562以0.05 μmol尼洛替尼或0.50 μmol伊马替尼处理24 h,对照组以DMSO处理,分别提取处理后K562细胞的总RNA,采用GPL571检测平台,即Affymetrix Human Genome U133A 2.0 Array进行芯片检测,各有4个生物学重复。

1.2 方法

1.2.1 差异表达基因筛选 将下载的GSE19567数据集CEL文件输入……

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