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呼吸道和下呼吸道感染是人类主要疾病之一，是儿童发病、住院和死亡的主要原因。引起人类呼吸道感染的病原十分复杂，已知大约有5%～30%是由人冠状病毒HCoV-229E和HCoV-OC43感染引起[1]，主要导致普通感冒。2002-2003年“非典”暴发，SARS[2]冠状病毒的出现推进了人们对冠状病毒的研究。继SARS-CoV之后，科学家们又发现了两种新的引起呼吸系统疾病的HCoV(HCoV-NL63[3]和HCoV-HKU1[1])。HCoV-HKU1是2005年1月由香港科学家在一位老年肺炎患者体内发现的，同年9月，另一位澳大利亚学者[4]在儿童急性呼吸道感染中也发现了该病毒的存在。该病毒可引起急性呼吸道感染，症状有流涕、发热、咳嗽和喘鸣，严重者表现为支气管炎和肺炎[4-5]，也可引起胃肠疾病[6]，甚至和热性癫痫发作有关[6]。

冠状病毒(Human coronaviruses, HCoV)属冠状病毒科冠状病毒属，在自然界中广泛存在，人和多种动物易感。形态上呈圆形或椭圆形，因其在电镜下呈日冕状或皇冠状而得名。为单股正链RNA病毒，是目前已知RNA病毒中基因组最大的病毒，基因组全长约27～32 kb，使其在加工和修饰过程中增加了不稳定性；由于RNA聚合酶忠实性较低，RNA病毒在复制过程中基因序列较易发生点突变；同时由于冠状病毒具有独特的复制机制，在基因组复制过程中存在一个复制中间体导致其在进化过程中发生重组的概率增大，因而不断出现新的变异株而呈现遗传多样性。

HCoV-HKU1为无节段单股正链RNA病毒，GC含量为32%,是所有已知冠状病毒中GC含量最低的。根据病毒基因组的序列，HCoV-HKU1和HCoV-OC43同属β类冠状病毒[7]。病毒基因组(图1)5′ 端具甲……