RNA质量对内参基因选择和qRT-PCR结果评价的影响
2018-06-13霍雪萍张琳萍赵向绒刘勤社王海芳
霍雪萍,张琳萍,赵向绒,刘勤社,王海芳
1.陕西省人民医院 中心实验室,陕西 西安 710068;2.西安交通大学 医学部中西医结合专业,陕西 西安 710061;3.陕西省中西医结合心血管病防治重点实验室,陕西中医药大学,陕西 西安 712046
在研究分子机理时,检测相关基因在mRNA水平的表达差异是重要环节,目前多采用实时定量 荧 光 PCR(quantitativereal-timePCR,qRTPCR)方法,具有定量准确、灵敏度高、快速简便及高通量等特点[1]。制备高质量的RNA,选定表达稳定的内参基因,对目的基因的相对表达量进行校正,是获得真实准确的实验数据的前提。
核酸质量的控制是对qRT-PCR实验结果质量控制的第一步。核酸在260nm处有最大吸收峰,蛋白质在280nm处有最大吸收峰,盐和小分子在230nm处有最大吸收峰。D260nm/D280nm和D260nm/D230nm是核酸纯度的指示。高质量RNA的D260nm/D280nm能达到 1.8~2.2,如果比值低于 1.8,表示存在蛋白质或酚类物质的影响;D260nm/D230nm值应大于2.0,若比值小于2.0则表明样品被糖类、盐类或有机溶剂污染[2]。以往的研究关注D260nm/D280nm值对qRT-PCR结果的影响较多,而对D260nm/D230nm值的影响关注较少。
我们在利用qRT-PCR法检测肿瘤坏死因子α(tumornecrosisfactor α,TNFα)调控下游细胞间黏附分子1(intercellularcelladhesionmolecule-1,ICAM-1)基因表达的研究中,发现RNA质量对于内参基因的选择和基因表达水平的评价分析具有显著影响。在此进行报告,以期为相关研究提供参考。
1 材料与方法
1.1 材料
小鼠动脉内皮细胞(arterialendothelialcell,AEC)购自上海拜力生物科技有限公司;RPMI-1640细胞培养基和胎牛血清购自Clontech公司;细胞培养用青霉素/链霉素和胰蛋白酶购自碧云天生物技术研究所;重组小鼠TNFα购自北京义翘神州生物技术公司;……
