盛中华，陈国宏，潘玉春，王起山，张 哲

(1.扬州大学动物科学与技术学院，扬州 225009；2.上海市闵行区动物疫病预防控制中心，上海 201109；3.上海交通大学农业与生物学院，上海 200240)

上海白猪是通过十几年的选育而培育成的一个地方肉脂兼用型品种，具有肉质好、产仔数较多、胴体瘦肉率较高和耐粗饲等优良特点。早在1986年被收录至《中国猪品种志》， 2012年列入《上海市畜禽遗传资源保护名录》。上海白猪(上系)作为上海白猪的一个品系，曾作为供港猪杜长上杂交组合的母本风靡一时，但随着引进的国外猪种严重地冲击国内种猪市场，上海白猪(上系)的群体规模受到了极大的影响，各项生产指标出现一定程度的衰退，因此需要深入了解当前群体的遗传现状，以便更好地进行提纯复壮与开发利用。

遗传变异的检测和功能注释是分析动物群体遗传现状的重要前提和基础，单核苷酸多态性(SNP)和2 bp～1 kb 之间的小片段插入和缺失(InDel)为猪基因组占比最大的两类分子标记。其中，SNP因具备充足的信息常用于基因连锁分析和与动植物DNA功能性变异密切相关的连锁不平衡分析。如H.S.Ai等[1-2]基于全基因组的SNP遗传标记开展了中国部分地方猪的群体结构和连锁不平衡分析等。M.Z.Li等[3]利用重测序得到的SNP标记，从群体遗传学上进一步阐明了藏猪适应高原环境的遗传机理及杜洛克经人工选择后与藏猪遗传上的差异。InDel标记具有较好的稳定性和多态性等优点，频率仅次于SNP，其中约1/3位于已知的基因区域内，还有一些位于决定基因功能的关键性区域如启动子区和外显子区，当前已有多个研究组利用基因芯片开展猪抗病、肉质等相关遗传机制研究[4-6]。……