江苏宿迁地区汉族人群DNMT3B基因启动子区-149C>T和-579G>T多态性与食管癌易感性的分析
2018-04-16赵建江陈素梅刘东声
邱 巍,胡 威,赵建江,陈素梅,刘东声
(宿迁市人民医院检验科,江苏宿迁 223800)
1 材料和方法
1.1研究对象血液样本来源于2016年1月~2017年12月在江苏省宿迁市人民医院肿瘤科接受治疗的食管癌患者246例,其中男性177例,女性69例,平均年龄68.14±8.91岁。对照组为健康体检者样本240例,其中男性158例,女性82例,平均年龄58.51±7.94岁,排除肿瘤及其他全身性疾病。样本均来自江苏宿迁地区汉族人群。本研究由宿迁市人民医院医学伦理委员会批准,参与人员知情同意。
1.2试剂与仪器TIANamp Blood DNA Kit全血基因组提取试剂盒(北京天根生化公司), TaKaRa Ex Taq PCR试剂盒、内切酶和引物(大连宝生物公司)。T100 PCR仪(美国伯乐公司),FR980A生物电泳图像分析系统(上海复日科技公司),DYY-8C电泳仪(北京六一仪器厂),Centrifuge 5424R离心机(德国Eppendorf公司)。
1.3方法
1.3.1基因组DNA提取:采用TIANamp Blood DNA Kit提取所有样本的全血基因组DNA,使用紫外分光光度计检测全血基因组DNA的质量。
1.3.2基因多态性分析:-149C>T和-579G>T位点的基因型运用PCR-RFLP法检测。-149C>T上游引物为5’-TGCTGTGACAGGCAGAGCAG-3’,下游引物为5’-GGTAGCCGGGAACTCCACGG-3’。-579G>T上游引物为5’-GAGGTCTCATTATGCCTAGG-3’,下游引物为5’-GGGAGCTCACCTTCTAGAAA-3’。PCR反应体系见参考文献[2,3]。-149C>T扩增产物采用TAKARA Blnt I酶切试剂盒体系进行限制性酶切,-579G>T扩增产物使用TAKARA Pvu II酶切试剂盒体系进行限制性酶切。
1.4统计学分析对食管癌组和对照组进行Hardy-Weinberg遗传平衡检验,用SPSS 22.0软件进行统计学分析,用卡方检验进行各基因型频率的比较,Logistic回归模型计算比值比(odds ratio,OR)和95%可信区间(confidence intervals,CI),以P<0.05为差异有统计学意义。
2 结果
2.1基因分型结果-149C>T PCR扩增产物为380 bp,基因型CT可被Blnt I部分切开,见380,207和173 bp三个片段,基因型TT可被完全切开,见207和173 bp两个片段,见图1。

1:MarkerⅠ;2,3:TT型.207 bp/173 bp;4,5:CT型.380 bp/207 bp/173 bp;6:PCR产物.380 bp。
图1DNMT3B -149C>T扩增产物电泳图
-579G>T PCR扩增产物为225 bp,基因型GT可被Pvu II部分切开,见225,132和93 bp三个片段,基因型TT可被完全切开,见132和93 bp两个片段,基因型GG不能被切开,见225 bp片段,见图2。……p>
