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诺卡菌分子鉴定方法的研究进展*

2018-02-13综述审校

检验医学与临床 2018年18期
关键词:数据库

黄 磊 综述,张 艺 审校

(北京大学第一医院检验科,北京 100034)

诺卡菌是一群需氧革兰阳性分枝杆菌,可存在于土壤、空气、水、动植物排泄物中,主要通过吸入或破损皮肤侵入人体引起感染,可引起局部或全身感染,好发于免疫功能低下患者(例如器官移植后,使用糖皮质激素,HIV感染等免疫抑制状态),也可见于健康人[1- 2]。近年来国际上和我国有关诺卡菌感染的报道不断增多,日益受到关注[3-6]。

诺卡菌感染在临床及影像学上缺乏特异性,其诊断往往依靠实验室检测,涂片镜检的灵敏度低且不能鉴定到种,培养出可疑菌落后用生化方法仅有少数几种诺卡菌能鉴定到种[7]。诺卡菌有50多个种,其中脓肿诺卡菌、皮疽诺卡菌、巴西诺卡菌、新诺卡菌、豚鼠耳炎诺卡菌等13个菌种可引起人类感染,且不同菌种对抗菌药物的敏感性不同,所以对早期诊断和治疗,鉴定到种非常重要。

目前只有分子生物学方法能将诺卡菌准确鉴定到种,从早期的PCR扩增目的片段后电泳检测、PCR-限制性核酸内切酶分析、反向点杂交、焦磷酸测序等,发展到目前广泛应用的基因测序(16S rRNA、hsp65、recA1、gyrB和rpoB)、多位点序列分析(MLSA)和质谱(MALDI-TOF MS)技术[7]。以上方法各有优势和局限性,本文对目前广泛应用的3类方法作一综述。

1 基因测序

1.116S rRNA基因 细菌16S rRNA序列内同时存在高度保守和高度变异的区域,是一个稳定的遗传标记,可将细菌鉴定到种水平,获得不依赖表型特征的客观结果,是最早和最广泛用于诺卡菌鉴定的基因[1,8]。但是在诺卡菌中的某些种,该基因存在多拷贝现象,不同拷贝显示为不同的碱基序列,在测序峰图上显示为多个重叠峰。……

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