唐勇刘旭

（1. 乐山职业技术学院，乐山 614000；2. 乐山丰野农业科技有限责任公司，乐山 614000；3. 乐山市农业局，乐山 614000）

基于SMRT测序技术的16S rRNA基因全长测序及其分析方法

唐勇1，2刘旭3

（1. 乐山职业技术学院，乐山 614000；2. 乐山丰野农业科技有限责任公司，乐山 614000；3. 乐山市农业局，乐山 614000）

被称为第三代测序技术的单分子测序是最近几年发展起来的高通量测序技术。其中，由Pacbio BioSciences公司开发的单分子实时测序技术（SMRT）是最先商用的技术。SMRT测序技术通过对模板序列循环测序产生环形一致序列（CCS），成功克服第三代测序技术准确率低的弊病。通过SMRT测序技术，科学家可以更深入准确地探究复杂环境微生物的结构和功能。介绍SMRT测序技术在微生物16S rRNA基因测序中的优势和劣势，并就基于SMRT测序技术所得的全长16S rRNA基因序列的质量控制、错误序列排除、聚类和注释分析等重要分析环节进行概述，同时，提出利用SMRT测序技术研究复杂环境微生物可能存在的问题及其解决方法，期望能为研究人员提供参考。

单分子实时测序技术；PacBio RS Ⅱ；第三代测序技术；环形一致序列

16S rRNA基因是原核生物所特有的基因，并且在原核生物中具有极高的拷贝数［1］。全长1 542 nt的DNA序列包含9个间隔的高变区，兼具特异性和保守性的16S rRNA基因序列作为微生物标记被广泛应用于研究中［2］。相比DNA探针、变性梯度凝胶电泳和Sanger测序等方法，高通量测序技术在16S rRNA基因序列研究中体现出极大的优势［3］。以Roche［4］，Illumina［5］等为代表的第二代测序技术将16S rRNA基因测序的通量大幅提高，为研究者提供对特定环境微生物进行全面分析的可能。……