刘洪波 阳广菲 欧维琳 沈关心

(桂林医学院第二附属医院检验科，桂林541199)



柯萨奇病毒A6型VP1蛋白的生物信息学分析①

刘洪波 阳广菲②欧维琳③沈关心④

(桂林医学院第二附属医院检验科，桂林541199)

目的：预测柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6，CVA6)的衣壳蛋白VP1的基本理化性质、结构功能及线性B细胞表位。方法：应用Bioedit软件、SubLoc、TargetP和生物信息学资源门户ExPASy中的多种在线工具对CVA6 VP1的氨基酸序列进行分析。结果：CVA6 VP1为一亲水性蛋白，其相对分子量为33.6 kD，等电点为7.92，含有24个可能的磷酸化位点，没有信号肽、跨膜区和可能的脂酰化位点；其二级结构中以无规则卷曲居多，有48.52%的氨基酸残基暴露于溶液界面；该分子内存在多个潜在的线性B细胞表位，其中的155～165位氨基酸残基区域的抗原指数最高。结论：成功预测到CVA6 VP1的基本理化性质、结构功能特征及可能的线性B细胞表位，为该蛋白的进一步研究及疫苗和免疫诊断试剂的研制打下基础。

柯萨奇病毒A组6型；VP1蛋白；生物学信息；B细胞表位；理化性质

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)是儿童常见传染病，其病原包括柯萨奇病毒(Coxsackievirus,CV)、埃柯病毒和新型人肠道病毒(Human enterovirus,HEV)的各部分成员，EV71型和CV A组(CVA)16型为最常见[1,2]。然而，近年其他HEV感染病例有增多趋势[3]； CVA6型在多个国家和地区引起HFMD的暴发流行，也成为HFMD常见病原之一，并且可导致重症发生[4]。目前，鲜有针对该病原的基础性研究。

HEV的VP1具有与其血清型相对应的遗传多样性[5]，是其中和表位存在的最主要区域[6]，也是其毒力可能相关的区域之一[7]，具有重要研究价值。本研究运用生物信息学方法，对CVA6代表株VP1的基本理化性质、结构功能特征和含有的线性B细胞表位进行预测分析，为该病原的生物学特性研究以及疫苗和诊断试剂的研发提供理论基础。……