溶藻弧菌III型分泌系统vscP基因的克隆与生物信息学分析
2016-11-12庞欢瑛简纪常鲁义善汤菊芬吴灶和
李 静,庞欢瑛,简纪常,鲁义善,汤菊芬,吴灶和
(1.广东海洋大学水产学院,广东 湛江 524088;2.广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室,广东 湛江 524088;3.广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室,广东 湛江 524088;4.仲恺农业工程学院,广东 广州 510225)
溶藻弧菌III型分泌系统vscP基因的克隆与生物信息学分析
李静1,2,3,庞欢瑛1,2,3,简纪常1,2,3,鲁义善1,2,3,汤菊芬1,2,3,吴灶和2,3,4
(1.广东海洋大学水产学院,广东湛江524088;2.广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室,广东 湛江524088;3.广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室,广东湛江524088;4.仲恺农业工程学院,广东广州510225)
根据NCBⅠ上登录的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)全基因组序列,设计一对克隆溶藻弧菌HY9901株ⅠⅠⅠ型分泌系统“分子尺”蛋白 VscP全长基因的特异性引物,PCR扩增获得基因的全长片段。结果显示,vscP(GenBank登录号FR780678)开放阅读框ORF为1 206 bp,共编码401个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列预测其分子质量约为44.4 ku,等电点为5.72。Signal 4.1 Server和TMHMM Server 2.0预测结果表明,VscP无信号肽与跨膜结构域。SoftBerry-Psite预测结果显示,VscP含有3个N端糖基化位点,2个cAMP及cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点,5个蛋白激酶C磷酸化位点,9个酪蛋白激酶ⅠⅠ磷酸化位点,2个N端豆蔻酰基化位点,1个酰胺化位点和3个微体C末端靶信号位点。运用MEGA6.0构建的VscP系统进化树显示,溶藻弧菌VscP与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)聚为一簇。应用SWⅠSS-MODEL软件构建VscP亚基三维结构模型发现,其与鞭毛FilK蛋白有相似构型。
溶藻弧菌;ⅠⅠⅠ型分泌系统;基因克隆;生物信息学分析;vscP
溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)是一种嗜盐嗜温型的革兰阴性细菌,可引起鱼、虾、贝等养殖动物鳍间组织溃烂、表皮出血、肾脏发白、肝胰脏肿大充血等病变[1]。……
