福州番茄黄化曲叶病毒的全基因组结构特征
2016-10-26林文武宛柏杰余小芳吴祖建
张 洁, 林文武, 宛柏杰, 余小芳, 吴祖建
(1.福建农林大学植物病毒研究所/福建省植物病毒学重点实验室,福建 福州 350002;2.拜耳作物科学(中国)有限公司,浙江 杭州 310018)
福州番茄黄化曲叶病毒的全基因组结构特征
张洁1, 林文武1, 宛柏杰1, 余小芳2, 吴祖建1
(1.福建农林大学植物病毒研究所/福建省植物病毒学重点实验室,福建 福州 350002;2.拜耳作物科学(中国)有限公司,浙江 杭州 310018)
为明确引起福建省福州市长乐地区番茄上曲叶症状的病原,提取样品总DNA,利用简并引物PA/PB进行PCR扩增,从10个样品中均可扩增到500 bp左右的特异条带.NCBI BLAST序列比对表明,该序列与番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)核苷酸序列相似性最高,达99.0%.再根据已知500 bp序列设计1对反向引物,扩增TYLCV分离物Fz01全基因组近全长,克隆并测序.经序列拼接发现,TYLCV分离物Fz01基因组全长2781 nts(KP685598),与已报道的TYLCV其他各分离物相似性均在89.3%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的相似性均在98.7%以上.因此,Fz01属于TYLCV的一个分离物.
福州; 番茄黄化曲叶病毒; 全基因组; 序列分析
番茄黄化曲叶病毒病主要由番茄黄化曲叶病毒(Tomatoyellowleafcurlvirus, TYLCV)侵染所致.2006年首次报道TYLCV入侵我国[1],目前该病毒已经在我国20多个省(市)发生,并造成严重损失.番茄感病后植株矮化,顶部叶片发黄、变小,叶片边缘上卷、皱缩等,果实的产量和商品价值降低[2-3].
TYLCV属于双生病毒科(Geminiviridae)菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus).根据基因组结构的不同,TYLCV可以分为双组份(DNA-A和DNA-B)和单组份(DNA-A)2种类型,大多数单组份双生病毒还伴随有卫星DNA(satellite DNA),称为DNA β[4].目前,国内外发现的……