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小麦SRAP-PCR反应程序的优化及引物筛选

2016-09-09张彦波张文娟张清华张希太邯郸市农业科学院河北邯郸05600邯郸市农业局河北邯郸05600

河北农业科学 2016年2期
关键词:程序优化

张彦波,肖 磊,张文娟,张清华,董 策,张希太(.邯郸市农业科学院,河北邯郸05600;.邯郸市农业局,河北邯郸05600)

小麦SRAP-PCR反应程序的优化及引物筛选

张彦波1,肖磊1,张文娟2,张清华1,董策1,张希太1
(1.邯郸市农业科学院,河北邯郸056001;2.邯郸市农业局,河北邯郸056002)

为建立最佳的小麦SRAP-PCR反应体系,进一步对小麦品种进行遗传多样性分析,采用L9(34)正交试验设计,对小麦SRAP-PCR程序中的变性时间、复性时间、延伸时间以及后35个循环的复性温度进行了优化试验。结果表明:当小麦SRAP-PCR扩增程序以变性30 s、复性60 s、延伸60 s,后35个循环复性温度55益时,扩增效果最好。应用该体系从65对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的23对引物组合,验证了该体系具有稳定性和可靠性,可进一步用于小麦的分子标记、辅助育种与遗传分析研究。

小麦;SRAP-PCR反应程序;条件优化;引物筛选

序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)是继RAPD和SSR以后出现的新型分子标记技术,由美国加州大学蔬菜系的Li和Quiros博士于2001年提出[1]。通过设计独特的双引物,对基因的ORFs(Open reading frames)特定区域进行扩增,其中,上游引物长17 bp,对外显子区域进行特异扩增;下游引物长18 bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增。因不同个体以及物种的内含子、启动子与间隔区长度不同而产生多态性。该标记具有简便、高效、产率高、高共显性、重复性好、易测序、便于克隆目标片段的特点,目前已成功地应用于作物遗传多样性分析、遗传图谱构建、重要性状标记以及相关基因克隆等方面[2,3]。

SRAP-PCR反应程序采用复性变温法扩增,最初Li等[1]设计的程序为94益预变性5 min;……

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