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G蛋白偶联受体计算研究的进展和前瞻

2016-04-28许伟明王晓锋蔡伟文鄢仁祥

生物信息学 2016年1期

许伟明,王晓锋,林 娟,3,蔡伟文,鄢仁祥,3*

(1.福州大学生物科学与工程学院,福州 350108;

2.山西师范大学数学与计算机科学学院,山西 临汾 041004;

3.福建省海洋酶工程重点实验室,福州 350108)



G蛋白偶联受体计算研究的进展和前瞻

许伟明1,王晓锋2,林娟1,3,蔡伟文1,鄢仁祥1,3*

(1.福州大学生物科学与工程学院,福州 350108;

2.山西师范大学数学与计算机科学学院,山西 临汾 041004;

3.福建省海洋酶工程重点实验室,福州 350108)

摘要:G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor, GPCR)是含有七个跨膜螺旋的一类重要蛋白,是迄今为止发现的最大的多药物靶标受体超蛋白家族。例如,目前上市药物中有超过30%是以GPCR为靶点的。然而,与GPCR重要性形成强烈反差的是科学界对于其结构与功能的了解非常贫乏,主要原因是通过实验手段来获得GPCR的结构与功能信息极其困难。利用生物信息学方法从基因组规模的数据中识别GPCR并预测三维结构是可行途径之一。基于生物信息学的GPCR研究将为新型药物靶标的筛选和药物的开发提供一定的帮助。本文论述了几种较为典型的GPCR计算方法,并基于已有研究提出可能的创新性研究策略来解决GPCR蛋白识别、跨膜区定位、以及结构和功能预测等问题。

关键词:G蛋白偶联受体;GPCR识别;蛋白结构预测;跨膜区预测;药物配体

1前言

生物学中的受体(Receptor)一般是指一类介导细胞信号转导的功能蛋白,能识别并结合周遭环境中的某些微量物质后通过信号放大系统触发后续一系列生理和生化反应[1, 2]。G蛋白偶联受体是一大类膜蛋白受体的统称,它们可以把各种各样的胞外信号传递到细胞内,并通过和其它信号转导通路间的相互作用调节各种生物学功能。……

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