岁品品，邢旭东，王　宏，崔　颖

( 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院， 哈尔滨 150081)



基于位置权重矩阵的核小体识别及功能分析

岁品品，邢旭东，王宏，崔颖*

( 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院， 哈尔滨 150081)

摘要：为研究高通量的人类CD4+T细胞的核小体定位模式，使用迭代算法对核小体定位模式进行分类，并利用位置权重矩阵方法分别构建稳定核小体定位序列、动态核小体定位序列和连接区序列模型，通过十倍交叉验证评估模型性能，并与Segal方法与弯曲度方法进行比较，发现位置权重矩阵方法在敏感性、精度和准确性方面都具有一定优越性。同时采用滑窗法在全基因组选取候选序列进行核小体识别，挖掘核小体定位相关基因，并进行基因生物学进程功能富集分析，发现稳定与动态核小体、真实与潜在核小体对应的基因所参与调控的生物学过程各有不同，但也有一些生物学过程为不同类别核小体所共有，例如对细胞内大分子的调控功能。

关键词：核小体定位；位置权重矩阵；基因功能富集分析

核小体是真核生物染色质的基本组成单位。真核细胞内大约75%～90%的DNA与组蛋白相互缠绕。核小体在DNA序列上的确切位置对DNA序列参与的生物学功能有重要的影响。核小体定位在基因转录调控、DNA复制与修复、可变剪接等基本生命过程中都扮演着重要的角色[1-2]，然而，在全基因组上核小体的精确位置却不是一成不变的，即在DNA序列上核小体定位呈现动态性，其定位过程、在转录过程中的调控功能非常复杂[3-4]。……