夏云,颜渊

(武汉轻工大学生物与制药工程学院，湖北 武汉 430030)



正选择位点及其计算软件研究进展

夏云,颜渊

(武汉轻工大学生物与制药工程学院，湖北 武汉 430030)

随着分子生物学实验技术的发展和实验方法的改进，如今已经有大量的DNA相关数据。研究者从这些大数据中通过生物信息学的手段寻找关键的信息成为近年来的热门。介绍了计算正选择位点相关软件的发展过程及其现状。

正选择位点；生物信息；分子进化

21世纪生物学面临的一个难题，是弄清选择作用和碱基替换的关系，从微观角度来分析碱基的替换的原因。估算蛋白质编码基因的同义替换和非同义替换的相关比率是分子水平研究生物体进化选择的常用手段，近年来，越来越多相关领域的研究者使用该方法来计算正选择位点，其使用到的相关软件也一直在革新。

1 正选择位点的研究

达尔文发表的《物种起源》指出自然选择是使得物种进化的最主要动力。而20世纪60年代，中性主义学派代表Kimura(1968)提出了具有争议的随机漂变假说[1]，认为在微观分子水平上，绝大多数生物的演进不是因为自然选择而引起的，而是因为某种随机因素导致的等位基因通过遗传漂变造成的，即大多数进化中核苷酸替代均是中性或者近中性的随机因素突变。Saitou等[2]1987年提出虽然大多数的碱基替换都是随机的，但确实存在部分的选择性。微观分子角度的进化分析主要分析核苷酸密码子的替换情况。……