巩元勇,徐珍珍,郭书巧,束红梅,蒋　璐,倪万潮

(江苏省农业科学院,农业部长江下游棉花和油菜重点实验室,江苏 南京　210014)



陆地棉EPSPS基因全基因组分析

巩元勇,徐珍珍,郭书巧,束红梅,蒋璐,倪万潮

(江苏省农业科学院,农业部长江下游棉花和油菜重点实验室,江苏 南京210014)

摘要：当前在NCBI中提交的来源于陆地棉的EPSPS基因有2个,随着陆地棉基因组测序结果的公布,为在陆地棉基因组中全面鉴定EPSPS基因的存在提供了便利条件。从陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库中共搜寻获得4个EPSPS同源基因,这4个基因分别分布在A07、A12、D07和D12亚基因组。从这4个基因的核苷酸序列、氨基酸序列和基因结构的比对,构建进化树的系统发育分析以及基因的转录情况研究来看,定位在A07和D07亚基因组的2个基因属于共线性高度同源基因,定位在A12和D12亚基因组的2个基因也是相同的情况。序列比对结果表明,已经在NCBI中提交的2个EPSPS基因分别是定位在A12和D12亚基因组上的基因,研究结果为定位在A07和D07亚基因组上EPSPS基因的克隆和功能研究提供了基础理论依据。

关键词：陆地棉;陆地棉基因组;EPSPS基因

在植物、藻类、真菌、细菌和顶配位寄生虫体内存在一条和芳香族氨基酸生物合成相关的代谢途径—莽草酸途径(Shikimate pathway),该途径起始于五碳糖磷酸途径中间产物赤藓糖-4-磷酸(Erythrose 4-phosphate)和糖酵解中间产物磷酸烯醇式丙酮酸(Phosphoenolpyruvate,PEP),终产物是分支酸(Chorismate),有7种酶在整个途径中发挥作用[1-2]。莽草酸途径倒数第二步反应是莽草酸-3-磷酸(Shikimate 3-phosphate,S3P)和磷……