李永平，林 珲，康建坂,温庆放*

(1.福建省农业科学院蔬菜研究中心，福建 福州 350013；2.福建省农业科学院作物研究所，福建 福州 350013)

辣椒EST-SSR 标记的开发与验证

李永平1，2，林 珲1，2，康建坂1，2,温庆放1，2*

(1.福建省农业科学院蔬菜研究中心，福建 福州 350013；2.福建省农业科学院作物研究所，福建 福州 350013)

从NCBI 数据库下载118 900条辣椒相关EST，对其进行SSR位点搜索，共搜索出3 343条SSR，分布密度为1/17.20 kb，共有287种重复基元。在辣椒EST-SSR中，二核苷酸(1 476个SSR)和六核苷酸(1 128个SSR)占主导地位，所占比例分别为44.15%和33.74%；出现最多的重复基元是GA/TC，占总数的14.30%，其次为CT/AG(94 个，占8.11%)。针对3 343条含有SSR的EST 设计合成了200对引物。用17份辣椒种质对200对引物进行筛选，196对引物有扩增产物，71对引物表现出多态性，共有220个多态性位点。利用71对多态性引物，对特定亲本P181-2-6和P230-2-5及其杂种一代F1的亲缘关系进行检测，结果说明从辣椒相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。

辣椒；EST-SSR；标记开发；指纹图谱

简单重复序列(Simple sequence repeat，SSR)标记技术因多态性高、灵敏度高、重复性好、数量丰富、分析简便、共显性和特异性等特点[1]，自1989年建立以来，已被广泛用于遗传图谱绘制[2]、重要农艺性状的基因定位[3-4]、生物遗传多样性[5]、品种鉴定[6]等诸多方面。

近年来，测序技术的发展突飞猛进，各种植物的基因组和转录组测序数据迅速增加。EST-SSR 因来自基因的转录区与功能基因有紧密的连锁，且在物种间有较高的通用性，其开发与应用已在小麦[7]、棉花[8]、大豆[9]、花生[10]等大田作物中均有报道，EST-SSR标记在一些主要蔬菜作物中也有一定的开发与应用，如番茄[11]、黄瓜[12]、油菜[13]、大白菜[14]、甘蓝[15]和萝卜[16]。……