刘沐桑 张莉莉 吕桂霞 沈永年 胡素泉 刘维达

常见医学真菌DNA条形码BLAST数据库的建立

刘沐桑 张莉莉 吕桂霞 沈永年 胡素泉 刘维达∗

目的: 构建我国重要医学真菌DNA条形码BLAST数据库。方法: 对28种医学真菌的ITS－rDNA序列(DNA条形码)进行测定和汇总，并使用NCBI提供的数据库工具将汇总的序列构建成DNA条形码数据库。结果: 构建的医学真菌DNA条形码数据库包括28种中国常见医学真菌的DNA条形码序列，利用数据库对待测真菌标本的DNA条形码序列进行检索，能进一步确定真菌类型。结论: 本实验构建的医学真菌DNA条形码数据库可以用于医学真菌的分子鉴别。

医学真菌； DNA条形码； BLAST检索； 数据库

DNA条形码(DNA barcode)是一种统一的DNA标志序列，通常来源于某个基因或者它的部分序列，能提供对某一大类生物物种适用的分子鉴定标志。1能够在人体致病的真菌已近400种，人的深部以及浅表真菌感染都有增多趋势，2且还不断出现新的真菌物种感染人体的报道。3由于不同医学真菌的侵袭定植性质、毒力和药敏谱以及相关疾病的预后常有很大不同，因此准确地鉴定菌种对临床成功诊治有重要意义。建立医学真菌的DNA条形码系统可以实现对真菌分子鉴别的统一化，是一项有意义的科学实践。

目前真菌界最通用的DNA条形码序列是核糖体DNA的内转录间区(internal transcribed spacer，ITS)序列，不同于动植物常用的细胞色素基因序列。4ITS基因作为分子标记的优点是拷贝数多，而且扩增过程简便，需要引物组合的数目也比较少。52012年发表的一项真菌DNA条形码综合研究表明，ITS序列基本适合用于真菌条形码编制。……