枯草芽孢杆菌代谢组样品前处理方法的比较研究
2015-08-13王洪彬等
王洪彬等



摘 要 本研究比较了不同淬灭剂(甲醇、60%甲醇、60%甲醇0.9% NaCl、60%甲醇0.9% (NH4)2CO3和60%甲醇0.9% NaAc)条件下胞内物质核酸、蛋白质和代谢物的渗漏情况,发现60%甲醇0.9%(NH4)2CO3和60%甲醇0.9% NaAc渗漏最少;比较了珠磨法、液氮研磨法、超声破碎3种细胞破碎方法条件下代谢物的提取效果,发现珠磨法提取效果最佳;比较了不同衍生时间(0.5~2.5 h)下代谢物相对丰度的变化,发现衍生时间达到2.0 h后,代谢物丰度不再有显著变化。最终确定了枯草芽孢杆菌代谢组样品最适前处理方法:预冷的60%甲醇0.9%(NH4)2CO3淬灭, 珠磨法破碎细胞, 细胞破碎物用OBis\[三甲基硅烷\]三氟乙酸盐(MSTFA)衍生2 h。采用本方法从枯草芽孢杆菌中共鉴定到223种代谢物,包括大量氨基酸、有机酸和糖类物质。本研究为枯草芽孢杆菌的代谢组学研究提供了基础。
关键词; 代谢组学; 枯草芽孢杆菌; 气相色谱质谱联用; 前处理
1 引 言
微生物代谢组学旨在分析微生物体系中所有的代谢物。由于代谢物结构的多样性及其浓度分布范围的宽广性,检测尽可能多的代谢物及其含量始终是一个巨大的技术挑战[1,2]。尽管代谢组分析技术近年来获得了快速发展[3~5],但是在代谢组样品制备环节仍然存在诸多问题[6~11]。代谢组学分析技术主要包括核磁共振(NMR)、气相色谱质谱联用(GCMS)和液相色谱质谱联用(LCMS)技术。NMR技术具有样品处理简单、样品破坏性小等优点,但是相比质谱技术灵敏度较低,检测动态范围比较窄。LCMS技术的代谢物适合范围广,可以与多种质谱联用,灵活性和普适性好,但是缺乏完备成熟的标准谱图库,难以高效准确地鉴定代谢物。……
