APP下载

H7N9 亚型禽流感病毒非结构蛋白1(NS1)基因序列分析及2013上海分离株NS1的原核表达

2014-11-29娄文静张道军史云崔家骏吴志豪戚丽华靳连群刘雪林宋宏彬张传福

生物技术通讯 2014年5期
关键词:核苷酸流感病毒禽流感

娄文静,张道军,史云,崔家骏,吴志豪,戚丽华,靳连群,刘雪林,宋宏彬,张传福

军事医学科学院 疾病预防控制所,北京 100071

H7N9亚型禽流感是甲型流感病毒中的一种,自暴发以来,在多个国家时有流行和散发,对养禽业造成了严重损失。2013 年我国出现首例人感染H7N9亚型禽流感病毒事件[1-2];截至目前,共报道143例确诊病例,分布于北京、上海、江苏、浙江等12 个省市,其中死亡45人,病死率高达31.5%[3]。因此,通过对今年暴发的人源H7N9 亚型禽流感病毒与禽源H7N9亚型病毒的基因同源性和系统进化分析,继而研究监测并寻找对抗该病毒的方法是当务之急。

甲型流感病毒基因组是分为8 个节段的单股负链RNA,其中第8 段非结构蛋白基因是其基因组中最小的基因节段,编码非结构蛋白NS1和NS2[4]。NS1 存在于病毒感染的细胞中,在正常病毒粒子中不存在,经灭活疫苗免疫的动物也不会产生。因此,针对NS1 的抗体可能只在流感病毒的宿主中存在,据此可以区分灭活疫苗免疫动物和野生型毒株感染动物[5]。此外,NS1 还具有抑制宿主蛋白合成、通过与宿主蛋白相互作用来增强病毒的致病性和毒力[6]、拮抗干扰素(IFN)产生及通过抑制丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PKR)-IFN 途径和PI3K 激活途径下调感染细胞凋亡[7]等功能。上述特点使NS1 在甲型流感病毒的检测和抗病毒研究中有着广阔的应用前景。

基于以上背景,我们克隆、表达了人源甲型流感病毒H7N9亚型NS1基因,为进一步研究其功能及基于NS1蛋白的抗病毒药物奠定基础。

1 材料与方法

1.1 材料

病毒株A/Shanghai/4664T/2013(H7N9)基因组cDNA 由本实验室保存;大肠杆菌DH5α和BL21(DE3)、克隆载体pMD18-T、限制性内切酶、Taq酶、琼脂糖凝胶回收试剂盒、T4DNA 连接酶、小量提取质粒试剂盒购自TaKaRa 公司;原核表达载体pET28a 购自Invitrogen 公司;DNA marker 购自Fermentas公司;其他试剂均为进口分装或国产分析纯。

1.2 NS1基因的扩增

根据GenBank 报道的A/Shanghai/4664T/2013(H7N9)株NS1基因序列设计PCR 引物,上游引物为5'-CCCATATGGGAGATATACCATGGGCA-3'(划线部分为引入的NdeⅠ限制性酶切位点),下游引物为5'-GGAATTCCCGGAGCTCGAATTCTTA-3'(划线部分为引入的EcoRⅠ限制性酶切位点)。扩增程序:94℃预变性30 s;94℃变性30 s,55℃退火1 min,72℃延伸2 min,30 个循环;72℃延伸5 min。将扩增产物行1%琼脂糖凝胶电泳检测。

1.3 目的基因的克隆

从琼脂糖凝胶中回收PCR 产物,将纯化的PCR产物片段与pMD18-T 克隆载体连接成重组质粒pMD18-T-NS1,转化大肠杆菌DH5α感受态细菌,挑取白斑进行PCR鉴定,对阳性克隆进行序列测定,测序结果在NCBI网站在线比对分析。

1.4 重组表达质粒的构建与鉴定

将pMD18-T-NS1、pET28a 质粒分别用EcoRⅠ/NdeⅠ双酶切,用T4DNA 连接酶将酶切后的NS1基因与pET28a载体连接,转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,构建重组表达载体pET28a-NS1,经酶切鉴定后,挑选阳性克隆质粒送中科西林生物有限公司进行基因序列测定,并进行序列分析。

1.5 NS1蛋白的诱导表达与表达产物检测

挑取经鉴定的阳性单克隆于5 mL LB(Kan+)培养基中,37℃振荡培养过夜,次日以1∶50 的比例转种,扩大培养至菌液D600nm达0.5~0.7 时,加入终浓度为0.5 mmol/L 的IPTG,于37℃诱导表达2~3 h 后取菌液,12 000 r/min 离心5 min,弃上清,沉淀用PBS反复洗涤2 次,取1.5 g 菌体沉淀,用15 mL 菌体裂解液重悬,间歇超声波冰浴破菌后,12 000 r/min离心 5 min,分别收集上清和沉淀,经12% SDSPAGE分析重组蛋白的表达形式,考马斯亮蓝染色。

1.6 Western印迹鉴定NS1蛋白

将SDS-PAGE 凝胶蛋白电转移至PVDF 膜,经封闭液封闭后与1∶500 稀释的His 单克隆抗体反应45 min,用含0.05% Tween-20 的PBS(PBST)洗涤3次,再与羊抗鼠IgG-HR 酶结合物室温反应1 h,PBST充分洗涤后浸入底物显色液中观察颜色区带。

2 结果

2.1 NS1基因的序列分析及系统进化树分析

从GenBank 获 得2006~2013 年不同 来源的H7N9 型病毒,包括2013 年在我国上海、安徽、江苏、浙江、福建、广东、台湾等地暴发的H7N9 亚型禽流感病毒的NS1序列,用MEGA 5.0构建NJ进化树(图1)。从拓扑结构来看,A/emperor goose/Alaska/44063-061/2006(H7N9)与其余H7N9 型病毒分离株的NS1基因序列分为2 个进化分支。根据获得的NS1基因核苷酸序列及推导的编码氨基酸序列进行同源性比较,A/emperor goose/Alaska/44063-061/2006(H7N9)株与2013 年暴发的H7N9 型禽流感病毒NS1基因的核苷酸同源性仅为68.5%~70.6%,氨基酸序列同源性为51.1%~96.3%;与2007~2012 年暴发的H7N9 型禽流感病毒NS1基因的核苷酸同源性为70.5%~71.7%。

进化树表明,2013 年的H7N9 亚型分离株都属于基因群A 群,而2007~2012 年的分离株属于基因群B 群。2013 年我国的H7N9 病毒分离株(A 群)其NS1基因存在以A/Wuxi/1/2013(H7N9)为代表和以A/Guangdong/1/2013(H7N9)为代表的2 个不同的亚分支;而2013 年中国大陆的H7N9 型禽源分离株其NS1基因都属于A/Wuxi/1/2013(H7N9)为代表的分支,尚未发现属于A/Guangdong/1/2013(H7N9)分支的2013 年禽源H7N9 病毒分离株。根据获得的NS1基因核苷酸序列及推导出的氨基酸序列进行同源性比较,以A/Wuxi/1/2013(H7N9)为代表的分支的病毒分离株NS1核苷酸同源性为99.2%~100%,氨基酸同源性 为98.5%~100% ;以A/Guangdong/1/2013(H7N9)为代表的分支的病毒分离株NS1基因的核苷酸同源性为95.0%~96.6%,氨基酸同源性为94.3%~98%;同源性比较结果表明,2013 年的H7N9 型病毒分离株NS1基因高度保守。由B 群分离株的进化分支来看,2008 年的危地马拉分离株、2009 年的江西分离株、2009 年的捷克分离株、2011 年的韩国分离株等属于不同的进化分支,说明H7N9 型禽流感不仅具有时间相关性,而且具有地域相关性。

图1 H7N9流感病毒NS1基因进化树

2013 年暴发的H7N9 型禽流感病毒分离株(A群)与2007~2012 年暴发的H7N9 病毒分离株(B 群)属于不同的进化分支,两者间NS1基因的核苷酸同源性为86.4%~90.7%,氨基酸序列同源性为72%~87.3%。A 群与B 群在进化上的显著差异暗示甲流病毒变异速度快这一特征,说明今年暴发的人源H7N9 型禽流感与之前暴发的禽源H7N9 型禽流感在进化上有显著区别。因此,对同一种H7N9 型禽流感病毒的不同地域、亲缘关系的研究,有助于进一步了解病毒的进化特征,为未来基于NS1 蛋白的抗病毒药物及疫苗的研发奠定基础。

2.2 NS1基因的扩增及克隆质粒鉴定

以A/Shanghai/4664T/2013(H7N9)基因组cDNA为模板,用设计的特异性引物扩增NS1基因全长,扩增片段与预期大小相符。重组克隆质粒pMD18-TNS1 转化菌的PCR 产物经1%琼脂糖凝胶电泳分析,在约680 bp 处可见特异性条带,与预期相符。测序结果与A/Shanghai/4664T/2013(H7N9)株NS1基因序列一致。

2.3 重组表达质粒的鉴定

提取重组质粒pET28a-NS1,经限制性内切酶EcoRⅠ/NdeⅠ酶切后,琼脂糖凝胶电泳得到2 个片段,其中小片段与目的基因片段大小相符(图2),测序结果表明,NS1基因以正确的方式插入pET28a 载体中,且序列正确。

图2 重组表达质粒的酶切产物电泳图

2.4 NS1蛋白的诱导表达与SDS-PAGE分析

含pET28a-NS1 重组质粒的大肠杆菌BL21(DE3)经0.5 mmol/L IPTG 诱导后超声波裂解,SDS-PAGE 分析(图3)表明有相对分子质量为25×103的蛋白表达,与预期一致,而未经IPTG 诱导的对照样本则没有预期蛋白表达。从图3可以看出,NS1融合蛋白在菌体裂解后的上清和沉淀中均有,但主要以包涵体形式存在。

2.5 表达蛋白的特异性鉴定

为了验证相对分子质量为25×103的蛋白带是否由NS1基因表达,用Western 印迹进行了表达产物的特异性检测,结果如图4,IPTG 诱导样本有特异条带,而未加IPTG 诱导的大肠杆菌未见特异条带,证明该蛋白带系NS1基因表达产物。

3 讨论

自1988年在美国明尼苏达州首次发现H7N9亚型禽流感以来[8],陆续在多个国家和地区有该病发生的报道,该型病毒在家禽和水禽中广泛存在,已对养禽业造成了严重损失[9]。2013 年我国首次出现H7N9 亚型禽流感感染人的现象,截至目前已造成45人死亡[10]。2013 年10 月,浙江省又出现2例人感染禽流感病例。因此,对该病毒的研究应当予以重视。目前,相关研究多侧重于H7N9 病毒血凝素,而对非结构蛋白及其基因的研究较为少见。非结构蛋白只在病毒感染的细胞中合成,并未包装进病毒颗粒。在病毒感染早期,非结构蛋白就在病毒中大量表达且积聚在细胞核内,形成致密的晶体样包涵体,在感染晚期的细胞浆内也有存在,刺激机体产生抗NS1 蛋白的抗体[11]。现有研究表明,NS1 蛋白在抑制宿主细胞蛋白质合成、增强病毒mRNA 翻译的效率、诱导细胞凋亡和抑制干扰素等方面具有重要作用。因此,拮抗NS1蛋白的功能,对抑制甲型流感病毒的复制和限制病毒传播具有良好的应用价值[12]。

图3 SDS-PAGE检测pET28a-NS1在大肠杆菌BL21(DE3)中的诱导表达产物

图4 表达产物的Western印迹

我们扩增了A/Shanghai/4664T/2013(H7N9)分离株的NS1 基因,并与从GenBank 下载的其他H7N9病毒分离株的NS1基因片段序列和蛋白序列做了对照分析,发现H7N9 流感病毒的NS1 基因分为A/emperor goose/Alaska/44063-061/2006(H7N9)独立分支和基因群A、B 群,其中A、B 群两群群内的核苷酸序列同源性分别为95%~100%和92.1%~100%,而两群之间的核苷酸同源性仅为86.4%~90.7%。同源性比较表明,2013 年H7N9 禽流感病毒分离株同源性高达95%以上,在进化上高度保守,与之前的H7N9型病毒分离株有明显的进化区别。

随着天气转冷,人感染H7N9 禽流感病例可能会继续出现。此外,目前禽间病毒传播并未得到控制,且禽类感染H7N9 病毒后很难发现,难以在早期控制禽类疫情[13]。因此,对H7N9禽流感进行监测是预防与控制其暴发的一个重要环节。我们以此为出发点,扩增了人源H7N9 亚型禽流感病毒的NS1基因,对其进行基因克隆,在大肠杆菌BL21(DE3)中高效表达了NS1 融合蛋白,重组蛋白可以与流感病毒的NS1蛋白单克隆抗体反应。这一结果有助于研究H7N9亚型禽流感病毒非结构蛋白的活性、对疫苗免疫和野毒感染的动物诊断,并为以NS1 蛋白为基础的抗病毒药物的研制奠定了基础,为将来有效地进行禽流感的监测工作迈出了关键一步。

[1]Parry J.H7N9 avian flu infects humans for the first time[J].Br Med J,2013,346:2151.

[2]Parry J.H7N9 avian flu kills seven and infects 23 in China[J].Br Med J,2013,346:2222.

[3]Shi Y,Zhang W,Wang F,et al.Structures and receptor binding of hemagglutinins from human-infecting H7N9 influenza viruses[J].Science,2013,342(6155):243-247.

[4]Skehel J J.Polypeptied synthesis in influenza virus-infected cells[J].Virology,1972,49:23-36.

[5]Ozaki H,Sugiura T,Sugita S,et al.Detection of antibodies to the nonstructural protein(NS1) of influenza A virus allows distinction between vaccinated and infected horses[J].Vet Microbiol,2001,82:111-119.

[6]Wolff T,O'Neill R E,Palese P.Interaction cloning of NS1-I,a human protein that binds to the nonstructural NS1 proteins of influenza A and B viruses[J].J Virol,1996,70(8):5363-5372.

[7]Zhirnov O P,Konakova T E,Wolff T,et al.NS1 protein of influenza A virus down-regulates apoptosis[J].J Virol,2002,76(4):1617-1625.

[8]Obenauer J C,Denson J,Mehta P K,et al.Large-scale sequence analysis of avian influenza isolates[J].Science,2006,311(5767):1576-1580.

[9]Nishiura H,Mizumoto K,Ejima K.How to interpret the transmissibility of novel influenza A(H7N9):an analysis of initial epidemiological data of human cases from China[J].Theor Biol Med Model,2013,10:30.

[10]Song P P,Xia J F,Gao J J,et al.Measures to combat H7N9 virus infection in China:Live poultry purchasing habits,poultry handling,and living conditions increase the risk of exposure to contaminated environments[J].Biosci Trends,2013,7(4):168-171.

[11]Nietzert E,Beck E,Ke Mello P A,et al.Expression of the aphthovirus RNA polymerase gene in Escherichia coli and tis use with other bioengineered nonstructural antigens in detection of late persistent infection[J].Virology,1991,1847:799-804.

[12]Suarez D L.Overview of avian influenza DIVA test strategies[J].Biologicals,2005,33(4):221-226.

[13]Parry J.H7N9 virus is more transmissible and harder to detect than H5N1,say experts[J].Br Med J,2013,346:2568.

猜你喜欢

核苷酸流感病毒禽流感
单核苷酸多态性与中医证候相关性研究进展
徐长风:核苷酸类似物的副作用
抗甲型流感病毒中药活性成分的提取
Acknowledgment to reviewers—November 2018 to September 2019
防治H7N9 禽流感 家长知多少
高原地区流感病毒培养的条件优化
流感病毒分子检测技术的研究进展
从噬菌体随机七肽库中筛选抗H3N2亚型犬流感病毒多肽的研究
广东人群8q24rs1530300单核苷酸多态性与非综合征性唇腭裂的相关性研究
鸡大肠杆菌病并发禽流感的诊治