ChIP-seq比较分析人体心脏和脾脏的H3K9三甲基化差异
2014-11-27曹翠辉眭维国车文体陈洁晶
薛 雯,曹翠辉,2,眭维国,车文体,陈洁晶,郭 丽,戴 勇
(1.中国人民解放军第181医院 肾脏科 广西代谢性疾病研究重点实验室, 广西 桂林 541002;2.广西师范大学生命科学学院,广西 桂林 541004; 3.深圳市人民医院 暨南大学 第二临床医学院 临床医学研究中心, 广东 深圳 518020)
ChIP-seq比较分析人体心脏和脾脏的H3K9三甲基化差异
薛 雯1,曹翠辉1,2,眭维国1,车文体1,陈洁晶1,郭 丽1,戴 勇3*
(1.中国人民解放军第181医院 肾脏科 广西代谢性疾病研究重点实验室, 广西 桂林 541002;2.广西师范大学生命科学学院,广西 桂林 541004; 3.深圳市人民医院 暨南大学 第二临床医学院 临床医学研究中心, 广东 深圳 518020)
目的分析人体器官心脏和脾脏的H3K9me3的全基因图谱,以期发现H3K9三甲基化的修饰与组织特异性的表达、功能和发育具有相关性。方法通过染色质免疫共沉淀的方法获取各标本DNA,通过qPCR验证ChIP结果,然后构建ChIP Sequencing文库,与目的基因组序列比对,获取比对Reads,接着进行全基因组的Peak分析,GO功能富集分析peak相关基因的生物学功能。结果心脏和脾脏间有169个基因有显著地H3K9me3差异,其中心脏中H3K9me3的基因中有64个特殊基因,脾脏中H3K9me3的基因中有87个特殊基因。从这些基因中,挑选出8个表现H3K9me3 明显的基因,然后再从这8个基因中挑选出两个心脏和脾脏间表现H3K9me3差异最明显的基因,分别是PTPN3和RBMS。结论H3K9me3差异可作为一个潜在的生物标志物或是表观遗传疾病的治疗靶点。
H3K9me3;ChIP-seq;表观遗传学
在哺乳动物基因组中,组蛋白则可以有很多修饰形式。包括组蛋白末端的乙酰化,甲基化,磷酸化,泛素化以及ADP核糖基化等等,这些修饰都会影响基因的转录活性。……
