第三军医大学微生物学教研室是重庆市重点学科，重庆市微生物工程重点实验室，军队“530”工程重点建设学科，中国微生物学会医学微生物学和免疫学专业委员会及重庆市微生物学会的挂靠单位；1978年成为第一批硕士点，1986年获“微生物学与免疫学”博士点，1998年成为“病原生物学”博士点，2000年成为“微生物学”博士点，2005年成为“微生物与生物制药”博士点。教研室现有编制人员22人，拥有教授4名，副教授4名，高级实验师3人，讲师及实验师11人；队伍中拥有全军优秀教师、全军教学标兵、校教学名师、教学明星及教辅明星等教学人才；获全国优博论文提名奖、重庆市优博论文、全军优博论文等5篇；医学微生物学2008年获解放军总后勤部百门精品课程，2013年获重庆市精品资源共享课；生物信息学2009年获重庆市优质课程。学科在“噬菌体基因组学与功能基因组学”、“细菌致病机理及耐药性”、“登革病毒致病机制及防护策略”和“生物信息学”四个科研方向上逐步形成了研究特色。“十一五”以来，获得国家重大新药创制、国家“863”、国家自然科学基金、重庆市重点课题、军队重点课题等34项，发表科研论文200余篇，其中SCI收录期刊论文60余篇，总影响因子超过200，单篇最高影响因子13.623；申报国家发明专利15项，授权6项；获国家科技进步二等奖（肽抗生素hPAB-β突变体的构建与活性研究）、军队科技进步一等奖（我国高致病性2型猪链球菌的分离鉴定、检定分型和分子致病机理的研究）、二等奖（登革病毒致病机理与防治策略的研究；重度创（烧）伤感染中补体的作用及其机制研究）、中华医学一等奖、中华预防医学一等奖等12项。