邓世果， 吴干华，2， 杨会杰

（1上海理工大学 管理学院，上海 200090；2华南师范大学 南海学院，佛山 528225）

系统生物学的一个重要任务是认识细胞内调控和代谢关系.代谢网络依据基因组数据将代谢系统表示为一个图，为代谢组学数据的分析提供可视化的研究平台.随着基因组测序技术的迅速发展，到目前为止，包括细菌、古生菌、真核生物在内的数百种生物全基因组序列先后测序完成.根据基因组注释信息可以按功能的不同将基因分成不同的组，其中较大的组是可指导合成酶的基因组.酶可催化细胞内代谢反应，依据代谢反应可构造代谢网络.人们构建了专门的代谢反应数据库，如KEGG、BioCyc、PUMA2等，这些数据可以用于构建代谢网络，并且可以对代谢网络作进一步分析.作为复杂非线性动态调控系统，代谢网络的研究越来越受到重视［1］.

基因组范围的代谢网络包含的代谢物很多，传统的方法（如代谢控制）不太实用.Ma等［2－3］首次提出具有可操作性的图论方法用以构造和分析代谢网络，得到普遍认可，成为当前对代谢系统的整体结构进行分析的主要手段.构造的代谢网络有3类：用节点表示代谢物，用节点间的连线表示代谢反应，构成代谢物网络；以代谢反应为节点，以节点之间连线表示代谢物，就是反应网络［4－5］；以反应所需的酶为节点，以节点间连线表示代谢物，得到酶网络［6－8］.以上构建代谢网络方法的基本步骤是：a.从KEGG数据库取得某一个特定物种细胞内全基因组注释信息，得到所有可能的酶；……