OAT在非小细胞肺癌中的表达及生物信息学分析
2012-09-10周丹菲程西安杨拴盈明宗娟李维张秋红张玉萍
周丹菲 程西安 杨拴盈 明宗娟 李维 张秋红 张玉萍
肺癌是目前世界上发病率和死亡率最高的恶性肿瘤[1]。因其缺乏有效的早期诊断方法[2],70%-80%的患者确诊时已是肿瘤中晚期,存在淋巴结转移或远处转移。虽然目前的治疗方式不断进步和发展,但是肺癌患者的预后仍不尽人意,5年和10年生存率分别为14%和8%[3,4]。早期诊断和早期治疗是改善患者预后、降低肺癌死亡率的关键。应用蛋白质组学的方法筛选肺癌早期诊断标志物和治疗靶点是近期研究的热点,但是至今尚无理想的生物标志物。本课题前期通过线粒体蛋白质组学研究,筛选出一系列差异蛋白。其中鸟氨酸氨基转移酶(ornithine aminotransferase, OAT)在肺腺癌A549细胞和正常支气管上皮细胞16HBE间的表达差异超过2倍。通过文献复习,进一步发现OAT可能和肝细胞癌、胃癌、前列腺癌等其它肿瘤也存在相关性,而其与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)的相关研究尚未见报道。本研究将进一步利用细胞和组织标本分别对OAT mRNA和OAT蛋白的表达进行检测,以验证前期线粒体蛋白质组学的结果并分析其临床意义。此外,利用生物信息学方法对OAT蛋白进行初步分析和相互作用蛋白预测,为进一步探究其在NSCLC发生和发展中的作用机制奠定基础。
1 材料与方法
1.1 细胞及组织来源 人肺腺癌细胞株A549来自西安交通大学中心实验室保存;人正常支气管上皮细胞株16HBE购于中国医学科学院肿瘤细胞库;55例肺癌组织标本取自西安交通大学医学院第二附属医院2006年-2011年手术病例,其中17例同时收集癌旁>5 cm处肺组织标本,其中男性35例,女性20例,鳞癌35例,腺癌20例,27例无淋巴结转移,28例存在淋巴结转移,平均年龄为(58.3±10)岁。……
