均匀设计在候选内参基因RT-qPCR实验条件优化中的应用
2012-07-05曹锡梅梁俊红万东方蒙晓平郭大玮
曹锡梅 梁俊红 张 潮 万东方 蒙晓平 郭大玮*
(1山西医科大学组织学与胚胎学教研室,2山西医科大学法医学院,太原 030001)
随着多个物种基因组全序列的揭晓,RT-qPCR(quantitative real-time reverse transcription PCR)技术在生物学研究领域变得日益重要。该项技术较普通PCR定量准确、重现性好、灵敏度高,是量化基因表达、分析基因转录水平的首选方法[1]。然而,多种变量因素影响其数据处理和结果分析,如提取RNA的质量、酶的效率(反转录效率,扩增效率)等[2]。为了去除这些变量可能存在的差别而获得准确可靠的定量结果,已经有很多方法用于校准这些变异,如实验中常用内参基因GAPDH和β-actin校准目标基因的表达。但是越来越多的研究表明,在不同的实验条件、不同类型的组织和细胞中,常用内参基因 GAPDH 和β-actin变得不再稳定[3-5]。为确保后期RT-qPCR实验结果的准确性和可靠性,有必要筛选稳定的内参基因用于THP-1细胞(人单核白血病细胞系)相关的一系列研究。首先要进行候选内参基因RT-qPCR实验条件优化,如果按照反应条件依次优化,试验次数多、劳动量大,并且由于反应体系中各条件间存在一个动态的最适浓度比例,按逐一优化试验得到的条件组合在一起不一定能得到最佳扩增效果。
为降低实验成本、减少试验次数和劳动量,本研究将均匀设计引入RT-qPCR实验条件优化中。均匀设计是中科院应用数学研究所研究员方开泰和中科院院士王元提出并创立的一种实验设计方法,该方法将数论与多元统计相结合,用于研究多种因素之间的配比关系,以期用最少的试验次数,达到找到最优的实验条件或配方的目的[6,7]。……
