李 雨，杨献光



基于伪氨基酸组成和支持向量机预测人类蛋白质亚细胞定位的研究

李 雨，*杨献光

（河南师范大学生命科学学院，河南，新乡 453007）

蛋白质亚细胞定位是当前生物信息学和蛋白质科学的重要研究领域，本研究从蛋白质一级序列出发，取伪氨基酸组成向量作为输入数据，运用支持向量机作为预测工具，对人类12类蛋白质亚细胞的定位进行预测，得到独立检验的结果为85.2%，Jack knife检验的结果为80.6%；结果显示，用较简单的预测方法，得到了较好的预测结果。

亚细胞定位；伪氨基酸；支持向量机；独立检验；Jack knife检验

蛋白质的亚细胞定位与蛋白质的结构和功能有密切的关系，蛋白质合成后必须进行亚细胞定位才能发挥其功能。因此，蛋白质的亚细胞定位的预测可以为该蛋白质的功能分析提供重要的线索。蛋白质的亚细胞定位的预测方法很多，早在1992年Nakai等发展了第一代的基于氨基酸组分的亚细胞定位预测模型[1]， Nakai法首先利用N 端分选信号来预测蛋白质的亚细胞位置, 建立了革兰氏阴性菌蛋白质定位预测系统, 获得了83% 的预测准确率，但该法的适用性有限。随着新的统计理论的发展和机器学习算法在生物信息学领域的应用，诸如神经网络粗糙集(neural network， NN)[2]，神经网络模型是通过模拟生物的神经结构以及其处理信息的方式来进行计算的一种算法，其在原核生物中取得了较好的定位效果，但在真核生物中精度稍低。隐马尔可夫模型(Hidden Markov Models， HMMs)等[3-4]算法也成功的应用于蛋白质亚细胞定位的研究中。……