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我国“合成生物学”急需研究的问题

2012-02-09陈国强

生物工程学报 2012年1期
关键词:化工产品时报生物学

《科学时报》:目前合成生物学研究面临的主要挑战是什么?

陈国强:有很多挑战,最大的挑战也许是新生命的合成。如何合成出一个有新特征的生命?对于工程应用领域来说,重要的是合成出一条新的代谢路径,获得野生微生物不能合成的产物。为此,要全面了解微生物的调控机制。比如说,把相关基因拼到一起(或合成)之后,可能会合成出一个微生物的代谢通路,但是它没有按照预期目标去大量合成所需要的产物。因为在细胞里面,有大量基因参与调控,如果不清楚它的功能,把它精简掉之后就会出问题,得不到我们希望的产物。总之,细胞没有按照所需要的方向发展。所以这些调控的东西影响了我们随心所欲地设计某种生物的企图。如果知道了所有的调控的机制,挑战就小了许多。不过,还有另一个挑战就是,如果设计出来生物体控制不住怎么办?

《科学时报》:国际上对合成生物学研究主要集中在哪些方面?

陈国强:可能最令人瞩目的是具有新功能的新生命的合成吧。这主要是满足人类的好奇心。其他的主要集中在工程和应用,第一个方面就是所谓最小基因组的研究。一般来说,基因组越小,细胞生长得越快。原理基本上主要是DNA合成和代谢负担减少了。最小基因组研究就是通过有目的删除多余基因,获得在特定条件下有优势的简化基因组微生物。

其次是合成路径的研究。在最小基因组研究的基础上,用各种基因组成的元件拼装成某种产物的合成代谢路径。可以是一条利用二氧化碳光合作用合成氢气的代谢路径,可以是一条合成紫杉醇的代谢路径……有无穷无尽的可能性,使这个细胞在满足生长的最低要求后,集中精力去生产需要的产品。

第三,就是模块化研究。就是把各种功能的基因模块化,等到需要的时候就把各个功能模块组装起来就可以了。像积木玩具一样,通过不同的组合,变成房子、汽车、飞机等不同的东西。

《科学时报》:我国开展合成生物学研究,发展合成生物学的目的为何?针对国家什么样的重大需求?

陈国强:我国是一个资源消耗大国,在材料、能源、化工产品的消耗量方面等都居世界第一位,所以,我国开展合成生物学的目标就应该包括解决材料、能源、化工产品的重大需求;因此,发展合成生物学的主要目的应该包括逐渐减少对石油的依赖,利用农业生物质如纤维素、非粮淀粉、非粮脂肪酸等为原料生产材料、能源、化工产品等,满足国家在材料、能源、化工产品方面的重大需求,避免对石油的过渡依赖,发展一个逐渐可以与化工过程竞争的工业生物产业。当然,合成生物学的研究也将产生许多研究生命活动的重大科学问题。

《科学时报》:不少国家都发布了合成生物学路线图,我国也在制定过程中,您认为作为路线图应强调哪些问题?

陈国强:我认为未来合成生物学要利用系统生物学的方法研究微生物——主要是细菌的工业应用,使微生物最大程度地生产工业产品包括材料、精细化工产品和生物燃料等。利用合成生物学的手段构建(合成)新的微生物,能够最优地进行工业发酵。最终的目的是实现复合功能微生物的构建。

《科学时报》:您长期从事PHA材料方面的研究,合成生物学为这一领域注入哪些新内容?会产生哪些变革?

陈国强:PHA的合成需要微生物的高速生长和PHA的大量积累来实现,这也是降低PHA生产成本的关键。所以,如何构建最小基因组的微生物来实现上述目的,是我们实验室重要的研究方向。通过基因组、转录组、蛋白质组和代谢组以及代谢流量组的全盘研究,寻找与PHA合成关系不大、同时对细菌生长不是必要的基因进行删除,获得能高速生长和大量积累PHA,同时从碳源到PHA转化率高的最小基因组微生物。

附 表:

表1 合成生物学需解决的一些关键问题以及其必要性。其中,复合功能微生物的构建是合成生物学的核心之一

表2 近期和中期合成生物学研究的一些问题,同样,复合功能微生物的构建是近期和中期合成生物学研究的核心之一

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