肺炎链球菌的扩增片段长度多态性快速检测方法的建立和应用
2012-01-27杨锦红王新林李方去陶洪群李向阳
杨锦红 刘 洋 王新林 李方去 陶洪群 李向阳
肺炎链球菌(streptococcus pneumoniae,S.p)在世界范围内仍然是一种重要的病原体,可引起肺炎、脑膜炎、中耳炎、鼻窦炎及菌血症等多种严重疾病[1,2]。对肺炎链球菌的诊断,目前主要依赖传统方法——培养法进行检测,但是培养法需要对微生物分离、培养和鉴定等检测存在着耗时长、灵敏度低、操作繁琐等缺点,对临床快速诊断,尤其是侵袭性感染的诊断不及时,造成临床治疗上的延误。随着分子生物学技术的发展,肺炎链球菌的快速诊断研究进展迅速,其中有环介导等温核酸扩增技术(LAMP)、PCR检测核糖体(16SrRNA)、BOX-PCR、荧光定量PCR、免疫层析法、DNA探针杂交等,从基因/基因组的层面对肺炎链球菌进行快速诊断[3,4]。
材料与方法
1.菌株来源:2010年3~6月在温州医学院附属第二医院住院患儿送检的呼吸道、血液及脑脊液标本分离的非重复的20株肺炎链球菌。质控菌株为肺炎链球菌ATCC49619。
2.仪器:Microscan Walkaway-90SI型全自动细菌鉴定仪(德国西门子公司)、PCR仪(德国Eppendorf公司产品)、电泳仪(美国BIO.RAD公司)、凝胶成像系统(北京六一公司)
3.试剂:PCR试剂和DNA MarkerⅠ购于TaKaRa大连宝生物公司,引物参照文献设计[5],由上海生工生物技术有限公司合成。限制性内切酶EcoRⅠ、MseⅠ购自Fermentas公司,DNA分子质量对照购自MBI公司。EcoRⅠ接头、MseⅠ接头、引物序列见表1。
4.菌种鉴定及药敏试验:挑选血平板上脐窝状的可疑菌落分纯,同时做奥普托欣(Optochin)试验,再用 Microscan Walkaway-90SI型全自动细菌鉴定仪鉴定及药敏试验,判断标准参照CLSI(2010版)标准。
5.AFLP实验:根据张顺等[6]报道的方法改进后用于实验。(1)基因组DNA的……
