据《Journal of the American Society for Horticultural Science》（2012年1月）中一篇研究报道，北京农林科学院林业果树研究所的研究人员通过简单重复序列（SSR）标记技术，对41个矮化、半矮化和早花苹果砧木品种进行了遗传多样性分析。在112对SSR引物中，有62对引物具有多态性。共检测到4138个多样性条带，多态性频率22.0%～68.6%，平均值58.5%，共737个等位基因。每个位点等位基因数6～19个，平均值11.9；多态性信息含量为0.176～0.885，平均值0.606。结果表明，这些苹果砧木中存在复杂的遗传背景和遗传多样性。根据SSR数据的非加权平均法分析，将这41个苹果砧木品种分成了5组。该研究表明，相对于组内杂交，通过在这5个组之间的杂交更有助于获得表现好的健壮砧木。该研究结果对今后的苹果育种以及砧木培育有积极意义。