Web的微生物信息资源平台的构建
2011-06-21阎光甫张利莉
塔里木大学学报 2011年2期
阎光甫 张利莉
微生物物种丰富、分布广泛,是一类具有巨大开发潜力的生物资源和基因资源。因其长期以来有着重要的研究价值,世界各国对微生物资源的研究和开发竞争日益激烈。随着对微生物资源研究不断深入和规模的相继扩大,出现了一系列与微生物相关的数据分析工具及网站[1],而安装和维护这些生物信息软件不但耗时,而且不宜普及和维护。微生物信息资源平台的建立,旨在给微生物研究人员提供一个“一站式”的在线生物科研平台,提高科研工作效率,加快微生物资源的相关研究。
1 材料与方法
1.1 平台运行环境
本平台属于小型的科研网络系统,初步建立在PC上,通过分配静态IP接入校园网。采用Ubuntu Server 10.04的Linux作为服务器操作系统,Web服务由Apache 2.2.14提供,通过集成功能模块实现具体分析功能。选择B/S(Brower/Server,浏览器/服务器)结构作为其工作运行模式的结构,实现过程如图1所示。

图1 B/S结构的实现过程
本平台所需的所有软件均为免费开源软件,可以从互联网免费下载,在开源协议下可免费、自由使用。相关软件的功能及下载地址见表1。

表1 软件的功能描述及下载地址
1.2 系统的安装和服务的配置[2,3]
采用光盘引导安装。系统安装完毕后,在 /etc/apt/sources.list中更改速度最快的更新源进行系统升级。网络数据库的服务包括执行Web服务的A-pache Web Server并配置CGI脚本支持。除此之外,要给执行CGI的文件夹赋予相应读写和运行权限。为了方便管理,还需安装 Webmin[4],并配置 ufw实现防火墙功能,使用sudo ufw allow对内网部分ip段开启web服务端口。……
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