陆 佳，肖 良，王倩倩，蔡滨欣，张黎明

(第二军医大学 海医系 防化医学教研室，上海 200433)

海葵溶细胞素的生物信息学分析

陆 佳，肖 良，王倩倩，蔡滨欣，张黎明

(第二军医大学 海医系 防化医学教研室，上海 200433)

利用生物信息学的软件与方法对已报道的17种海葵溶细胞素的氨基酸组成、理化性质、结构特征以及系统演化关系等进行预测和分析。结果表明不同海葵溶细胞素在氨基酸组成和理化性质上具有一定相似性，但其在结构上有一定差别。以MP法和NJ法对不同海葵溶细胞素构建的系统发生树基本一致，在亲缘关系较近的7种海葵溶细胞素中可以找到6个保守序列。

海葵;溶细胞素;生物信息学

海葵(Sea anemone)属于腔肠动物门(Coelenterata)珊瑚纲(Anthozoa)，是一类原始的多细胞动物。海葵毒素是一类具有溶血、细胞毒、心脏毒、膜去极化和钾离子通道阻滞等生物毒性的多肽类毒素。溶细胞素是海葵毒素中研究较为深入的一类活性组分［1-5］。本文拟利用生物信息学的软件与方法对目前已报道的17种来源不同的海葵溶细胞素的氨基酸组成和序列、理化性质、结构特征以及系统演化关系等进行预测和分析，以期为深入开展该类蛋白质的相关研究提供理论指导。

1 材料和方法

通过检索，从NCBI蛋白质数据库中筛选得到Actinoporin Or-A等17种海葵溶细胞素作为分析对象(见表1)。

表1 17种海葵溶细胞素序列

利用BioEdit等多种生物信息学软件(见表2)对17种海葵溶细胞素蛋白序列的氨基酸组成、理化性质、结构特性及分子系统进化关系等进行分析和预测。……