APP下载

肺炎克雷伯菌产CTX-M-14型超广谱β-内酰胺酶的基因环境研究

2019-11-05刘保光汪保英栗俞程苗明三许二平

中国人兽共患病学报 2019年10期
关键词:利福平供体克雷伯

刘保光,汪保英,栗俞程,白 明,苗明三,许二平

肺炎克雷伯菌作为一种人兽共患条件病原菌,可引起人和多种动物感染,危害人和畜禽健康[1]。近年来,随着抗菌药物的广泛应用,肺炎克雷伯菌对抗生素的耐药情况日趋严重,携带β-内酰胺酶是该菌产生耐药的主要机制之一[2]。ESBLs主要由肠杆菌科细菌产生,肺炎克雷伯菌和大肠杆菌是其代表菌种[3]。而CTX-M型酶分布广泛,是一组逐渐被认识且成员日益庞大的ESBLs,以对头孢噻肟高水平耐药为主要特征[4]。该酶目前已经成为亚洲国家如日本、韩国主要的ESBLs类型,我国也是CTX-M型酶的高发区,有研究表明,CTX-M型ESBLs可能是我国华南地区,乃至全国常见的ESBLs类型之一[5]。其中,华北地区流行的CTX-M型ESBLs主要为CTX-M-14型[6]。据报道,CTX-M型ESBLs编码基因常位于质粒上,该质粒大多可以接合,还常与周围可移动基因元件(如插入序列ISEcp1或IS903、转座子)相关[7-8]。研究发现,位于CTX-M基因周围的可移动元件对耐药基因的传播起重要作用[9-10]。

目前,肺炎克雷伯菌耐药表型和分子分型报道较为多见[11-16],但肺炎克雷伯菌产CTX-M型β-内酰胺酶报道鲜见[17-19]。本试验在前期研究基础上,开展产CTX-M-14型ESBL基因的遗传背景研究,这对控制该型ESBLs的传播具有重要意义。

1 材料与方法

1.1 材 料

1.1.1菌株来源 郑州某鸡场分离、经过VITEK-32全自动鉴定仪证实、基因型鉴定的一株产CTX-M-14型ESBL肺炎克雷伯菌(耐药表型及基因型鉴定另文发表[20],标号为F1),E.coliC600受体菌由河南省人民医院检验科惠赠。质控菌株为大肠埃希菌ATCC25922(购自中国普通微生物菌种保存中心,阴性对照菌);肺炎克雷伯菌ATCC700603(购自北京大学医学部,阳性对照菌)。

1.1.2培养基 LB琼脂、LB肉汤购自广东环凯微生物科技公司。

1.1.3药物 试验用抗生素为标准品或对照品,均购自中国兽医药品监察所,均在有效期内。

1.1.4试剂 普通质粒小提试剂盒(TIANGEN,北京),PBR322载体、Taq酶等购自大连宝生物公司。

1.1.5仪器 Vitek-32全自动细菌鉴定仪购自法国生物-梅里埃公司,凝胶成象系统购自Alpha Innotech Corporation,PCR扩增仪购自美国Thermocycler2720。

1.2 方 法

1.2.1CTX-M-14型ESBL基因的质粒接合传递试验

1.2.1.1供体菌(标号F1)与受体菌(E.coliC600)接合 用LB平板分离培养F1菌株和E.coliC600(受体菌对利福平耐药),37 ℃过夜培养,挑培养的供体菌和受体菌的单菌落分别接种入5 mL的LB肉汤中,37 ℃过夜培养,取培养的供体菌和受体菌各50 μL同时加到5 mL LB肉汤中混匀,37 ℃过夜培养。

1.2.1.2阳性接合子的筛选与确认 1)取100 μL接合菌液(剩余菌液4 ℃保存)及只含受体菌、供体菌的对照菌液分别接种于LB平板(含160 μg/mL利福平和20 μg/mL头孢噻肟),37 ℃过夜培养;2)接合菌液在利福平和头孢噻肟上述浓度耐受的平板上能生长,生长的菌落即为阳性接合子;而对照菌液在利福平和头孢噻肟上述浓度耐受的平板上不生长。

1.2.1.3阳性接合子的的MIC值检测 根据美国临床实验室标准化协会(CLSI)推荐的微量肉汤稀释法[21],分别测定阿莫西林(AMX)等20种药物对接合子及E.coliC600的最小抑菌浓度(MIC)。

1.2.1.4阳性接合子的PCR检测 对筛选出的阳性接合子进行质粒抽提,分别用以下blaCTX-M、blaTEM、blaSHV及blaACT特异性引物,PCR反应体系和条件参考文献[20],PCR扩增后分别取8 μL产物进行1%琼脂糖电泳,凝胶成像观察结果。

1.2.2 CTX-M-14型ESBL的基因环境

1.2.2.1接合子质粒双酶切 对筛选出的含有CTX-M-14基因的阳性接合子用质粒小提试剂盒进行抽提,经0.8%琼脂糖电泳(溴化乙锭染色),紫外投射仪下观察结果,确认接合子质粒存在后用BamHI和SalI双酶切。双酶切反应体积为25 μL,反应体系为接合子质粒7 μL,水8 μL,10×Buffer 4 μL,BamHI 3 μL,SalI 3 μL,混匀并离心,37 ℃水浴酶切3~4 h,经0.6%琼脂糖电泳(溴化乙锭染色),用凝胶成像摄相。

1.2.2.2PBR322克隆载体双酶切 PBR322载体用BamH I和SalI2个限制性内切酶进行双酶切。双酶切反应体积为25 μL,反应体系为载体质粒8 μL,水7 μL,10×Buffer 4 μL,BamH I 3 μL,SalI 3 μL,混匀并离心,37 ℃水浴酶切3~4 h,获得载体质粒酶切片段,经0.6%琼脂糖凝胶电泳,紫外投射仪下观察结果并摄相。

1.2.2.3连接转化 酶切后的接合子质粒片段与酶切后的PBR322载体连接,体系为:接合子质粒片段6 μL,PBR322载体2 μL,10×Buffer 1 μL,T4 DNA连接酶1 μL,16 ℃连接过夜。将连接产物转入大肠杆菌DH5α感受态细胞中然后涂于含头孢噻肟钠(20 μg/mL)、氨苄西林(50 μg/mL) 及各含42 μL X-gal、IPTG及的LB固体培养板上过夜培养筛选。

1.2.2.4阳性转化子的筛选及双酶切鉴定 无菌条件下,用牙签挑取白色的单个菌落(即阳性转化子)接种于相应的培养基,经培养,再次抽提重组质粒,所提质粒用BamH I和SalI进行双酶切鉴定,酶切产物经0.6%琼脂糖凝胶电泳(溴化乙锭染色),紫外投射仪下观察结果并摄相。

1.2.2.5阳性转化子的MIC值检测 根据CLSI推荐的方法[21],分别测定阿莫西林(AMX)等20种药物对阳性转化子的最小抑菌浓度(MIC)。

1.2.2.6核苷酸序列测定与分析 接合子质粒经转化克隆及鉴定后得到转化子,培养后其菌液送大连宝生物公司用M13通用引物Primer Walking测序(包括CTX-M-14基因,并向其上下游连续测序),把测的3段基因序列拼为一段完整序列,结果用BioXM 2.6软件分析,并在NCBI数据库中用BLAST工具进行同源序列比较。

1.2.2.7CTX-M-14型基因上下游分析 根据测序结果,分析CTX-M-14基因的上游序列及下游序列,对比CTX-M-14基因片段与原菌株测序结果有无差异。

2 结 果

2.1质粒接合传递试验结果 接合子PCR扩增显示,blaCTX-M及blaTEM基因呈现阳性,结果见图1,而受体菌表现为阴性,说明blaCTX-M及blaTEM基因能通过接合试验传递;用blaACT型特异性引物扩增接合菌表现为阴性,说明该基因不能与blaCTX-M及blaTEM等基因同时被接合。

注: 1为Marker 2000; 2为TEM型PCR产物; 3为CTX-M型PCR产物; 4为阴性对照。图1 接合菌PCR产物凝胶电泳 Fig.1 Gel electrophoresis of the zygomycetes PCR products

2.2接合子质粒及PBR322载体双酶切结果 阳性接合子及PBR322克隆载体抽提质粒后用BamH I和SalI双酶切获得相应的质粒酶切片段,酶切后结果如图2。

注: 1为Marker 19329; 2为接合子质粒双酶切图; 3为PBR322载体双酶切图。图2 接合子质粒及PBR322载体质粒双酶切电泳图Fig.2 Electrophoresis picture of the conjugal and PBR322 plasmids digested by two restriction enzymes

注: 1为Marker 19329; 2为阴性对照; 3为阳性转化子双酶切图。图3 阳性转化子双酶切电泳图Fig.3 Electrophoresis picture of the transformant plasmids digested by two restriction enzymes

2.3阳性转化子双酶切鉴定结果 筛选的阳性转化子抽提重组质粒用BamH I和SalI进行双酶切鉴定,结果见图3。

2.4耐药表型的测定结果 通过测定供体菌、含CTX-M-14基因片段的阳性接合子及筛选的阳性转化子对阿莫西林、阿莫西林+克拉维酸、头孢噻肟、环丙沙星及阿米卡星等药物的耐药表型,分析各菌株对各种药物的敏感性,见表1。供体菌对利福平敏感,而接合子对利福平耐药,原因在于接合子具有受体菌对利福平耐药的特性。接合子的其余耐药表型与供体菌保持一致,具有供体菌相似的耐药表型。在含头孢噻肟平板上筛选的含CTX-M-14基因片段的阳性转化子对头孢噻肟耐药,而对其余的大多数药物表现敏感。

表1 供体菌、阳性接合子及转化子对多种抗菌药物的敏感性
Tab.1 Susceptibility of the various types of strains to varieties of antimicrobial agents

抗菌药物MIC/(μg/mL)F1C600F1阳性接合子含CTX-M-14基因的转化子阿莫西林AMX>1284>128128 阿莫西林/克拉拉酸(4:1)无412832氨苄西林AM>1288>128128氨苄西林+舒巴坦AM/SU(2:1)12883232头孢噻肟钠CTX64<0.06256464头孢曲松CRO64<0.062564<0.0625头孢噻呋CTF16无无0.5亚胺培南IMI<0.0625无无无头孢吡肟CPM1无无无粘菌素COM<0.06250.1250.25<0.0625恩诺沙星ENF16无无无环丙沙星CIP16132<0.0625左氟沙星LVF32116<0.0625氟苯尼考FLO321640.5多西环素DOX320.25321阿米卡星 AK640.5128<0.0625磷霉素FOS>1282>128<0.0625新霉素NEO320.1250.5<0.0625庆大霉素GM1280.25128无利福平 RIF8>1281284

2.5转化子核苷酸序列测定结果 经测序,通过DNASTAR软件把所得CTX-M-14及其上下游序列进行拼接,拼接出2 637 bp的基因序列,将序列在NCBI数据库进行Blast比对,包含上游序列ISEcp1、下游序列IS903及完整的CTX-M-14基因开放阅读框等移动元件,序列号为HQ650134,其基因序列如图4。

2.6含CTX-M-14型ESBL的基因上下游分析 测序结果经比对,测出2 637 bp的基因序列,其中包括上游序列ISEcp1tnpA、-35区和-10区、重复序列IRR、876 bp的CTX-M-14基因开放阅读框及下游序列IS903和IRL,见图5。

图5 CTX-M-14型ESBL基因的基因环境结构图Fig.5 Genetic environment structure picture of CTX-M-14 gene β-lactamase

Sbjct 1TTATCAGCTTTTATGACTCGATATATGGTAAAATAATAGTAAGAAAAGTAGTAAAAAGGG60Sbjct 61GTTCTAATTATGATTAATAAAATTGATTTCAAAGCTACGAATCTAACATCAAATGCAGGT120→ISEcp1(70-1332 bp)Sbjct 121………………………………………………………………………………………………………………1320Sbjct 1321TGTCTGGTATAATAAGAATATCATCAATAAAATTGAGTGTTGCTCTGTGGATAACTTGCA1380ISEcp1←Sbjct 1381GAGTTTATTAAGTATCATTGCAGCAAAGATGAAATCAATGATTTATCAAAAATGATTGAA1440-35区Sbjct 1441AGGTGGTTGTAAATAATGTTACAATGTGTGAGAAGCAGTCTAAATTCTTCGTGAAATAGT1500-10区Sbjct 1501GATATTTGAAGCTAATAAAAAACACACGTGGAATTTAGGGAATACTGATGTAACACGGAT1560IRRSbjct 1561TGACCGTATTGGGAGTTTGAGATGGTGACAAAGAGAGTGCAACGGATGATGTTCGCGGCG1620→blaCTX-M-14 ORF(876 bp)Sbjct 1621………………………………………………………………………………………………………………2400Sbjct 2401GAGAGCCGCCGCGATGTGCTGGCTTCAGCGGCGAGAATCATCGCCGAAGGGCTGTAACTG2460blaCTX-M-14 ORF←→IS903Sbjct 2461GTTTTGTTGAATAAATCGAACTTTTGCTGAGTTGAAGGATCAGATCACGTATCTTCCCGA2520 IRLSbjct 2521CAACGCAGACCGTTCCGTGGCAAAGCAATAGTTCAAAATCACCAACTGGCCCACCTACAA2580Sbjct 2581TAAAGCCCTCATCAAGCGTGGCTCCATAACTTTCTGGCTGGATGATGAAGCTATTCA ?2637IS903(2460->2637 bp)←

图4 基因序列
Fig.4 Gene sequence

3 讨 论

据报道,肺炎克雷伯菌容易把耐药质粒转移给大肠埃希菌C600,表明介导质粒的转移在不同种属的细菌之间具有一定的通用性[22]。据报道,携带CTX-M-14基因的质粒大多含有多重耐药基因,表现出对多种抗生素的耐药特征,具有更多的传播机会[20]。本研究发现供体菌同时含CTX-M-14、SHV-11、TEM-1及ACT-like等基因,但质粒接合试验及接合菌PCR扩增表明这些基因并不同时存在1个质粒上。该试验中CTX-M和TEM基因可以通过质粒在细菌间转移,但是ACT基因不能和CTX-M及TEM基因同时转移,这说明ACT基因可能存在于不同质粒或转座子上,有些质粒能通过质粒接合试验进行转移,有些质粒不能进行转移,说明这些细菌的耐药基因存在于不可转移的质粒上,细菌之间可以通过质粒接合传递耐药基因及耐药性,这是导致细菌产生多重耐药的重要原因之一。

药物敏感性试验表明,供体菌对青霉素类、三代头孢菌素类、氨基糖苷类及阿米卡星均耐药,而只对碳青酶烯类的亚胺培南和四代头孢菌素类头孢吡肟表现敏感,这体现了ESBLs和AmpC酶结合的效果,这与管希周等[23]研究报道一致。供体菌还表现对利福平敏感,而接合子对利福平耐药,原因在于接合子具有受体菌对利福平耐药的特性。接合子的其余耐药表型与供体菌基本一致,具有与供体菌相似的耐药表型,仅有个别药物的MIC值较供体菌降低。另外,具有临床意义的是供体菌把对三代头孢菌素的耐药性,转移给了受体菌E.coliC600,预示耐药性的横向传播以及暴发流行的可能。含CTX-M-14基因的阳性转化子对头孢噻肟耐药,而对其余的大多数药物表现敏感,这与朱恒乾等[24]报道一致。本试验中,接合子均具有ESBLs的表型,这显示该接合子在产生TEM型基因的同时一定产生其它类型的ESBLs(如SHV型、CTX-M型等),因为受体菌E.coliC600本身不存在对β-内酰胺类耐药的其它机制。另外,该接合子PCR检测结果也支持了这点。接合子中的TEM型和CTX-M型基因是由产ESBLs供体菌通过接合传递而来,揭示临床菌株通过接合试验在编码ESBLs基因的水平传播,导致了ESBLs菌株的流行。因此,临床应加强细菌耐药性监测、深入研究其耐药机制,对于减缓耐药性的产生和传播具有重要意义。

本研究发现,在blaCTX-M-14基因的上游存在插入序列ISEcp1,据有关研究,该插入序列已在肺炎克雷伯菌、变形菌和沙门菌等多种肠杆菌科细菌中发现[25]。Eckert等[26]发现,产blaCTX-M-14基因的上游均存在插入序列ISEcp1,同时其余CTX-M型ESBLs基因的上游也大多发现插入序列ISEcp1。本研究还发现,在blaCTX-M-14基因的下游存在插入序列IS903,在blaCTX-M-14基因的上游和下游均存在反向重复序列IRR和IRL,且在blaCTX-M-14基因的上游与反向重复序列IRR间有42 bp的间隔,在blaCTX-M-14基因下游的反向重复序列IRL中发现了公认的启动元件-35区,推测可能是对其下游基因表达的一种机制。Eckert等[26]发现,5株产blaCTX-M-14基因的下游有4株显示存在插入序列IS903。据Diestra等[27]发现,含blaCTX-M-14基因的周围环境区域高度保守,发现blaCTX-M-14基因的上下游分别出现插入序列ISEcp1和IS903。据Lartigue等[28]报道,在blaCTX-M-14基因的上下游也分别出现ISEcp1和IS903,但在blaCTX-M-14基因的上游与反向重复序列IRR间有43 bp的间隔,这与本研究发现的42 bp间隔有差异。可见,ISEcpl和IS903在blaCTX-M-14基因的传播中具有重要作用,除了能介导blaCTX-M-14基因从染色体转移到质粒外,也可使blaCTX-M-14基因在不同的质粒之间进行传播。

利益冲突:无

猜你喜欢

利福平供体克雷伯
Journal of Gastroenterology and Hepatology|利福平可改善持续性肝细胞分泌衰竭患者的胆汁淤积
碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌肺炎抗感染治疗的病例分析
儿童活体肝移植供肝经腹腔镜获取对供体术后生命质量的影响
耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌的临床分布特点及耐药性
儿童肝移植供体照顾负担现状及影响因素分析
高毒力肺炎克雷伯菌研究进展
2017年至2020年昆明市儿童医院血流感染大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌的耐药性
异烟肼和利福平治疗方案对单耐异烟肼或利福平肺结核患者的治疗效果分析
器官也可产业化生产
利福平:多面手的抗菌药