江 彪，闫晋强，晏石娟，谢大森，刘文睿，王 敏

（1.广东省农业科学院蔬菜研究所/广东省蔬菜新技术研究重点实验室，广东 广州 510640；2.广东省农业科学院农业生物基因研究中心，广东 广州 510640）

葫芦科（Cucurbitaceae）是世界上最重要的食用植物科之一，有95 个属900 多个种，其重要性仅次于禾本科、豆科和茄科，位居植物界第四。据联合国粮食及农业组织（Food and Agriculture Organization of the United Nations，FAO）2019 年统计显示，世界葫芦科作物的栽培面积约400 万hm2，年产值约3 000 亿元。葫芦科包含许多重要作物，包括黄瓜（Cucumis sativus）、甜瓜（Cucumis meloL.）、西瓜（Citrullus lanatus）、南瓜（Cucurbitaspp.）、冬瓜（Benincasa hispida）、丝瓜（Luffa aegyptiaca）、苦瓜（Momordica charantiaL.）等常见的蔬菜和瓜果，在农业生产和人民生活中均占有举足轻重的地位［1-2］。葫芦科作物不仅是人们重要的饮食来源，许多还具有独特的食疗保健价值。冬瓜富含丙醇二酸，可抑制人体内糖转化为脂肪，能有效防止体内脂肪堆积，对于肾病、高血压、浮肿患者大有益处［3］。苦瓜富含皂苷，具有明显的降血糖、减肥、抗氧化等多种药理作用［4-7］。

全基因组测序，就是一次性测定一个生物体基因组全部DNA 序列的过程。自2004 年以来，以Illumina 边合成边测序为代表的高通量测序技术逐渐发展成熟，测序通量大幅提升、成本急剧下降，其大规模商业化应用促成数以千计的生物体完成了全基因组测序［8］。近年来，以Pacific Biosciences 单分子实时测序和Nanopore 纳米孔测序为代表的长读长测序技术得到快速发展，为基因组从头组装以及结构变异检测、泛基因组学研究等提供了极大便利［9］。

基因组从头组装（de novo assembly）是指在不需要任何参考序列的情况下，将生物体基因组测序产生的序列进行拼接、组装，从而绘制该生物体的全基因组序列信息。……