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HNRNPC可能成为肺腺癌独立的预后因子

2022-06-13胡滨滨

生物信息学 2022年2期
关键词:肺癌分析研究

胡滨滨,张 明

(苏州大学附属高邮医院 肿瘤科,江苏 高邮 225600)

表观遗传学是研究可逆、可遗传的表型变化,不涉及核DNA序列的变化[1]。虽然表观遗传学的全部范围尚未确定,但其一般含义是指化学修饰主要包括DNA、RNA甲基化,组蛋白修饰以及非编码RNA修饰和染色质重排。在表观遗传修饰中,DNA甲基化和组蛋白修饰得到了很好的研究,例如DNA中的5-甲基胞嘧啶甲基化已经在多种肿瘤中影响着基因表达。近些年的对于甲基化药物的研究已经取得明显的进展,如去甲基化药物地西他滨和阿扎胞苷,以及组蛋白去乙酰化酶抑制剂塞达明,为治疗临床疾病提供了更多策略[2-3]。而对于RNA,已经在生物体中鉴定了100多种RNA的修饰[4],RNA甲基化是RNA修饰的主要形式,广泛存在于各种类型的RNA中,如rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA以及mRNA中。特别是mRNA的N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)修饰是哺乳动物基因表达的必需调节因子[5-6]。其他修饰如5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,m5C)和N1-甲基腺苷(N1-methyladenosine,m1A)[7]。其中,m6A修饰约占mRNA修饰的80%,近年来广泛被关注和研究。RNA m6A修饰是可逆的,其生物学效应主要通过“编码器”,“擦码器”和“读码器”蛋白介导[8]。编码器是将甲基化修饰“写入”RNA的过程,即介导RNA的甲基化修饰的过程,包括METTL3(Methyltransferase-like 3)、METTL14(Methyltransferase-like 14)、WTAP(Wilms tumor suppressor-1-associated protein)和ZC3H13(Zinc finger CCCH-type containing 13)[9]。 擦码器可以“擦除”RNA甲基化修饰信号,即介导RNA的去甲基化过程,包括FTO(Fat mass and obesity-associated protein)和ALKBH5(Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase homolog 5)[10-11]。读码器负责“读取” RNA甲基化信息并参与下游RNA的翻译和降解,包括YTHDC1(YTH domain-containing 1)、YTHDC2(YTH domain-containing 2)、YTHDF1(YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 1)、YTHDF2(YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 2)和HNRNPC(Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein)[12]。越来越多的体外和体内研究揭示了m6A甲基化修饰在调节多种生物过程中的起到关键的作用,包括精子发生[13]、神经发生[14]、性别决定[15-16]等。异常m6A修饰在不同类型癌症的进展中起着至关重要的作用[17],尤其是作为乳腺癌[18]、胶质母细胞瘤[19]和白血病的癌干细胞的调节剂[20]。……

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