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采用网络药理学方法预测苏格木勒-10治疗肾病综合征的机制

2022-06-09鲍布日额陈香梅王秀兰

关键词:肾素靶点化合物

良 良,鲍布日额,陈香梅,王秀兰

(1.内蒙古民族大学 附属医院,内蒙古 通辽 028000;2.内蒙古民族大学 蒙医药学院,内蒙古 通辽 028043)

肾病综合征(nephrotic syndrome,NS)是由复杂病因致肾小球基底膜的通透性增加的常见肾小球疾病之一,主要表现为大量蛋白尿、低白蛋白血症、高脂血症和水肿[1]。NS发病机制复杂,主要与足细胞损伤与凋亡、脂质代谢紊乱和氧化应激等有关[2]。目前NS的治疗以免疫抑制剂为主,作用尚可但其毒副极其严重[3]。寻求安全、有效、毒副作用小的药物迫在眉睫。蒙医具有辨证施治,蒙药复方涉及多组分、多靶向治疗作用等特点。

苏格木勒-10是一味历史悠久的蒙医验方,由味苦、辛、性温、轻、躁、腻、锐,有祛肾寒、抑赫依、调胃火、消食、开胃、止吐之功效的苏格木勒为君药,具治疗尿闭、祛肾寒功效,是蒙医广泛用于治疗泌尿系感染、肾寒、肾炎、肾结石的常用药物[4-10]。虽然苏格木勒-10临床疗效显著,但目前其分子机制研究少见。笔者以苏格木勒-10的化合物为基础,肾病综合征疾病靶点为研究对象,采用中医药整合药理学研究平台建立化合物-靶点-疾病靶点-通路网络,初步探讨苏格木勒-10复杂成分、多作用靶点、多通路的作用机制,为深入研究苏格木勒-10治疗NS的作用机制提供方向。

1 材料与方法

1.1材料 中医药整合药理学研究平台,见表1。

表1 中医药整合药理学研究平台Tab.1 Integrated Pharmacology Research Platform of Traditional Chinese Medicine

1.2 苏格木勒-10化合物数据库建立 从TCMSP、BATMAN数据库中获取苏格木勒-10的化学成分,输入关键词“益智、干姜、荜茇、冬葵果、莲子、榧子、苦石莲、麝香、方海、白硇砂”及文献检索其化合物得到活性成分信息,再经过口服生物利用度(OB)和类药性(DL),筛选出同时满足OB≥20%和DL≥0.1的化合物及文献报道的有活性的成分[11-14]。

1.3 成分靶点筛选 将“1.2”项下化合物导入Pubchem数据库,导出分子结构并以Canonical SMILES格式保存文件,导入Swiss、Sea数据库,选定物种为“Homo sapiens”,筛选条件probablity>0.1,得到成分的对应靶点,保存数据,筛选、整合、去重后得到化合物潜在作用靶点。

1.4 疾病靶点筛选 使用DisGeNET、OMIM、Gene Cards数据库中输入关键词“Nephrotic syndrome”“Edema”“Proteinuria”进行检索,搜索已报道与NS相关的基因,去除重复基因获得作用靶点,将其导入Excel表格中,整合、去重后得到疾病的潜在作用靶点。

1.5 潜在作用靶点筛选及网络模型构建及分析 利用Venny2.1.0软件获取苏格木勒-10化合物和肾病综合征交集靶点(即两者共同靶标),即为潜在靶点。继而将潜在靶点及其对应化合物分别导入Cytoscape 3.6.0软件,构建“成分-靶点”网络,使用Network Analyzer功能对网络进行分析,根据节点Degree、Betweenness、Closeness筛选出苏格木勒-10防治NS的主要活性成分。

1.6 PPI网络构建及分析 将“1.5”项筛选到的共同靶点输入STRING数据库,选择“homo sapiens”物种,设定最低相互作用阀值为0.15,其余参数保持默认设置,获得蛋白相互作用信息,保留文件中的节点信息(node1、node2)并将其导入Cytoscape 3.6.0软件,构建PPI网络并进行拓扑分析,筛选出关键靶点。

1.7 富集分析 将筛选得到的关键靶点输入DAVID数据库中,进行GO功能富集分析(包括生物过程、细胞组分、分子功能)和KEGG信号通路分析。

2 结果

2.1 苏格木勒-10方中成分及靶点的筛选 通过借助名称TCMIP(V2.0)、BATMAN数据库及文献检索筛选出178个化合物,其中益智化合物11个、荜茇15个、白硇砂化合物1个、冬葵果化合物14个、榧子化合物11个、干姜化合物19个、苦石莲化合物26个、莲子化合物22个、螃蟹化合物19个、麝香化合物40个,去重后得126个化合物,将苏格木勒-10复方化合物Canonical SMILES结构输入Swiss、Sea数据库中检索得到化合物靶点,筛选物种为“Homo sapiens”,propbolity>0.1的,去重后基因共有997个。

2.2 疾病靶点筛选 通过DisGeNET、OMIM、Gene Card数据库筛选“Nephrotic syndrome”“Edema”“Proteinuria”得到疾病靶点180个,去重后162个,将疾病和成分的靶点输入Venny 2.1.0,获取共同靶点35个,见图1。

图1 苏格木勒-10和NS交集靶点Fig.1 Intersection targets of Sugemule-10 and NS

2.3化学成分-作用靶点网络构建及分析 将化合物和35个潜在靶点导入Cytoscape软件,绘制网络图,见图2,并对网络进行拓扑分析。结果显示,亮氨酸、亚麻酸、6-methyl-1-(2-thenylidene)furo[3,4-c]pyridine-3,4(1H,5H)-dione分别能与11、7、6个以上靶点相连接,油酸、Vitexin-2-O-rhamnoside、芥酸、己酸、2,7-二甲基辛基-7-烯-5-炔-4-基酯、氯甲基3-氯辛酸分别与5个靶点连接,胡椒碱、豌豆素等与4个靶点连接,胡椒龙胺、姜黄素、诺卡酮、氧叶酮B、氧叶酮A分别与3个靶点连接,可能在防治肾脏疾病过程中发挥重要作用,同时亮氨酸、亚麻酸、姜黄素、姜黄醇、诺卡酮、胡椒碱、豌豆素、胡椒龙胺、白杨素、鼠李素、6-姜酚、β-谷甾醇、氧叶酮B、氧叶酮A等25个成分又可共同作用于靶点NOS2,体现了苏格木勒-10多成分、多靶点的综合调节特点。

图2 苏格木勒-10活性成分治疗NS潜在靶点Fig.2 Potential targets of Sugemule-10 active ingredients for treatment of NS

2.4 PPI网络构建 在STRING数据库中录入35个潜在作用靶点,得到蛋白相互作用信息,使用Cytoscape软件对上述数据进行可视化分析,构建PPI网络,并对网络进行筛选,根据连接度(Degree)、介度(Betweeness)、紧密度(Closeness)筛选出35个关键靶点,见表2,其中度值最高的为TNF与33蛋白结合,其次为MMP9、ICAM1、CXCL8、PTGS2、VEGFA、IL6、ACE、REN、CASP3、RHOA、TGFB1、NOS2、PPARA、NR3C1能与25个以上蛋白发生相互作用。PPI网络图见图3、图4,靶点度值越高,节点越大;度值越低,节点越小。

图3 35个蛋白之间相互作用图Fig.3 Interaction diagram between 35 proteins

图4 靶点与靶点之间相互作用图Fig.4 Interaction diagram between target and target

表2 关键靶点信息Tab.2 Information of key targes

续表2

2.5 靶点通路分析 将35个关键靶点通过DAVID数据库进行GO功能富集分析,得到1 519个条目(P<0.1),包括1 075个生物学过程、230个细胞组分、214个分子功能(筛选degree前20的条目绘制柱状图),可以看出苏格木勒-10复方治疗肾病综合征的主要靶点显著富集在细胞代谢过程的正调控、细胞对化学刺激和外部刺激的反应、防御、对内源性刺激的反应、分子功能的调节等生物过程(BP)。从细胞组分(CC)的富集结果可见,主要参与的有细胞质、细胞器、细胞内膜等;从分子功能(MF)主要富集结果可以看出,苏格木勒-10防治肾病综合征主要表现为蛋白质结合、催化活性、受体结合、水解酶活性、酶结合、受体配体活性、信号转导活动、分子转导活性等。

通过DAVID数据库对交集靶点进行通路(KEGG)分析,以P<0.005为条件,共筛选出17条信号通路,应用Omicshare对17条通路富集分析,结果见表3、图5。表3显示了前几条重要通路,图5的气泡图是根据P值的大小进行排列的,P值越小表示该路径与疾病的相关性越强,可以看到癌症信号通路(Pathways in cancer)、癌症中的蛋白聚糖通路(Proteoglycans in cancer)、类风湿关节炎信号通路(Rheumatoid arthritis)、恰加斯病(美国锥虫病)(Chagas disease(American trypanosomiasis))、TNF信号通路(TNF signaling pathway)、百日咳(Pertussis)、乙型肝炎(Hepatitis B)、非酒精性脂肪肝(Non-alcoholic fatty liver disease(NAFLD))、疟疾(Malaria)、结核(Tuberculosis)、肾素-血管紧张素系统(Renin-angiotensin system)、NOD样受体信号通路(NOD-like receptor signaling pathway)、肾素分泌(Renin secretion)等通路参与肾病综合征的病理改变。由此可知,苏格木勒-10化合物相关靶点是同时作用于不同的路径来防治肾病综合征。

表3 KEGG通路富集重要路径Tab.3 Important pathways in KEGG pathway enrichment

图5 KEGG通路分析Fig.5 KEGG pathway analysis

3 讨论

本研究通过在TCMSP数据库中以药物口服生物利用度≥20%、类药性≥0.1为筛选条件,筛选出符合条件的126个化合物,其中与关键靶点连接拓扑学分析中Degree值高的亮氨酸、亚麻酸、油酸通过口服补充可以对类风湿性关节炎、前列腺炎、特异性皮炎起到一定的治疗和预防效果,也可促进乳腺癌、前列腺癌细胞的凋亡,降血脂、血压[15-18];姜黄素、胡椒碱具有治疗炎症、风湿、代谢紊乱等作用[19-21]。现代药理学研究表明,其君药苏格木勒具有抗氧化应激及改善肾脏病理功能[22-25]、利尿和抗利尿作用[26],生姜提取物(10-DHGD)具有抗炎及减轻肾脏纤维化作用[27]。莲子[28]降低糖尿病鼠的血糖。通过cytoscape对潜在作用靶点得到的蛋白相互作用信息进行拓扑学分析,筛选出关键靶点35个,靶点间通过394条相互作用协同影响疾病的防治。

通过35个交集靶点的GO分析可知,BP、CC、MF等生物过程贯穿于药物治疗疾病的整个作用机制中,表明苏格木勒-10可通过调控多个生物学过程来发挥防治肾病综合征的作用。

KEGG富集结果表明,关键靶点主要富集于癌症、类风湿关节炎、肾素-血管紧张素系统、肾素分泌、TNF信号、NOD样受体等信号通路,表明苏格木勒-10可通过作用于不同的通路来防治肾病综合征。其中,TNF信号通路、肾素-血管紧张素系统、肾素分泌、NOD样受体信号通路在肾小球疾病的防治过程中起重要作用。肾小球疾病尽管有非免疫因素的参与,但大多数被认为是免疫介导的炎症性疾病,免疫反应常为肾小球疾病的始发机制。NOD2是一种胞质受体,根据报道发现,外源微生物如细菌胞壁肽聚糖等可通过NOD2途径激活核因子-κB、MAPK和半胱氨酸天冬氨酸酶-1途径启动促炎因子如TNF-α、白细胞介素以及各种抗微生物因子,继而激活机体的先天性免疫反应[29],从而保护机体避免受过度炎症的损伤。NS的水肿是与肾小球滤过率降低,肾小管重吸收增加,肾素-血管紧张素系统(RAS)、抗利尿激素分泌增加相关。RAS通过维持肾动脉血管压力、调整血压,平衡体液和钠离子、钾离子等电解质及细胞对大分子物质的摄入而影响免疫复合物沉着[30],进而影响肾脏的生理功能,在肾脏病的发生、发展中具有重要作用。根据相关研究发现[31],TNF-α是与慢性肾脏病发病机制密切相关的细胞因子之一,通过改变内皮细胞黏附力刺激成纤维细胞增生,促进纤维化。TNF等炎症因子同时也是糖尿病肾病发生与发展的主要因素。

综上所述,本研究首次借助网络药理学方法,初步探讨了苏格木勒-10复方防治肾病综合征的活性成分及可能作用机制,发现其化合物在炎症防御方面疗效显著,且主要作用于炎症通路、癌症通路、肾素-血管紧张素系统,这些发现为苏格木勒-10后续进一步研究提供了思路及理论依据。

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