基于网络药理学探讨丹红化瘀口服液治疗深静脉血栓的作用机制
2022-03-21黄博宁彭思远陈子健林宝琴
黄博宁,林 娟,彭思远,陈子健,林 超,林宝琴
基于网络药理学探讨丹红化瘀口服液治疗深静脉血栓的作用机制
黄博宁1, 3,林 娟2,彭思远3,陈子健3,林 超3,林宝琴1*
1. 广州中医药大学第一附属医院,广东 广州 510405 2. 广州白云山和记黄埔中药有限公司,广东 广州 510515 3. 广州中医药大学中药学院,广东 广州 510006
基于网络药理学方法探讨丹红化瘀口服液治疗深静脉血栓(deep vein thrombosis,DVT)的作用机制。利用中药系统药理学技术平台数据库(TCMSP)获取丹红化瘀口服液的主要化学成分及作用靶点,利用Uniprot数据库对获取的作用靶点进行规范化处理;通过DisGeNet、GeneCards、OMIM、DrugBank数据库获取DVT相关靶点;利用Venny 2.1.0绘图网站构建Venn图,得到丹红化瘀口服液与DVT的交集靶点;应用String平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;通过David数据库对交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,使用微生信网站绘制结果气泡图,并利用KEGG Mapper平台制作通路机制图;相关结果采用Cytoscape 3.7.2软件进行可视化研究及网络拓扑结构分析。经过数据库分析共筛选丹红化瘀口服液化学成分130个,潜在作用靶点268个,其中涉及DVT靶点136个。“中药-成分-疾病靶点”网络显示,槲皮素、木犀草素、山柰酚等是丹红化瘀口服液治疗DVT的主要活性成分,转录因子AP-1(transcription factor AP-1,JUN)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、IL-6、信号传导与转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)等是丹红化瘀口服液治疗DVT的核心靶点。通过GO功能富集分析得到211条生物进程条目,124条分子功能条目,72条细胞成分条目。通过KEGG通路富集分析,得到3条与DVT相……
