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黄藤Dof家族的全基因组鉴定及系统进化分析

2021-12-11张丹丹杨瑶君

西南林业大学学报 2021年6期
关键词:结构分析

张丹丹 杨瑶君 江 纳 付 春

(1. 乐山师范学院竹类病虫防控与资源开发四川省重点实验室,四川 乐山,614000;2. 乐山师范学院生命科学学院,四川 乐山,614000;3. 乐山师范学院数学与信息科学学院,四川 乐山,614000)

黄藤(Daemonorops jenkinsiana)是常绿攀援棕榈藤的代表,自然生长在海拔1 000 m以下的低地雨林,黄藤丛生生长,茎可达50 m,节间长40 cm,直径30 mm[1]。黄藤的果实可萃取药品“麒麟血竭”,具有止血、活血、化瘀、止痛等疗效,嫩茎梢17种氨基酸的总含量高达13.14%,营养丰富,可供食用,具有重要的开发价值[2-3],是热带森林重要的再生非木材资源,但长期的森林采伐和药材采集,使黄藤资源量大幅下降[1]。为了缓解及保护现有的资源状况,一些国家建立了藤种基因收集圃、藤种园等迁地保存基地;同时人们开始了对现有资源的研究利用,特别是在棕榈藤的良种选育方面[4],目前国内外对黄藤育种的系统研究还比较少。

Dof(DNA binding with one finger)蛋白是一类植物特异性转录因子。Dof基因家族属于单锌指蛋白超家族,一般由200~400个氨基酸构成[5]。Dof蛋白具有明显的结构特征,由N−末端高度保守的Dof结合结构域、寡聚化位点、引导Dof蛋白进入细胞核的核定位区段以及负责C−末端转录调控的激活结构域4个部分组成[6]。其中,Dof结合结构域是由52个保守的氨基酸残基构成的C2−C2型单锌指结构域,在该结构域中有4个绝对保守的Cys残基[7]。Dof蛋白由于其C−末端转录调控域的氨基酸序列较为多变,不具有保守性,因此在植物中的功能具有多样性[8]。目前对玉米(Zea mays)[9]、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、番茄(Solanum lycopersicum)[10-11]、水稻(Oryza sativa)[12]、桃(Amygdalus persica)[13]、草莓……

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