肖宇 综述 肖卫 审校

长江大学附属第一医院呼吸内科，湖北 荆州 434000

肺部感染是临床上的常见疾病，多发病，普遍见于各科室，且位于各类感染的首位，急性呼吸道感染造成的死亡人数为总疾病造成死亡数的第3 位，是严重威胁人类健康的疾病之一。病因中，大部分为病原体感染，也可因理化、免疫及药物等因素引起。

细菌和真菌培养的是鉴定致病微生物的金标准方法。然而，通常需要2～3 d才能获得结果，而且这种方法不适用于鉴定病毒。鉴定病毒通常使用聚合酶链反应或抗原检测，但只能检测有怀疑方向的病毒。此外，病毒分离也是确定致病病原体的可靠方法，但是耗时，并且其敏感性可能不够。虽然进行了这些检测方法，但仍有13%～62%的成人肺炎患者中未发现明显的病原体[1-2]。

高通量测序技术(high-throughput sequencing)一次可以对数十万到数百万的DNA 或RNA 分子进行测序，该技术使得检测速度极大加快。同时相比于第一、二代测序技术，核酸测序的单碱基成本大幅下降，因此又被称为“下一代”测序技术(“next-generation”sequencing technology，NGS)。不同于传统的微生物培养，其通过直接对临床样本中的核酸进行检测，然后再与数据库比对分析，最后依据比对到的序列信息可判断样本包含的病原体种类。通过该技术，可快速、客观地检测送检标本中所包含的病原微生物(细菌、真菌、病毒、寄生虫等)，而且无需费时的进行特异性扩增，对于急危重症和疑难感染的诊断尤其适用[3]。

自2014 年NGS 首次被报道应用于联合免疫缺陷综合征合并感染的一位患者，并在寻找病原体中起到关键性作用[4]，到2016年美国FDA正式的认可NGS技术。……