姜依凡，郭 鹏 介评

(西安交通大学第一附属医院泌尿外科，陕西西安 710061)

近日，来自美国国家癌症研究所临床蛋白质组学肿瘤分析联合会(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium,CPTAC)的研究人员为肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma，ccRCC)开发了多组学方法，该方法结合基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学技术，定义了可能有助于患者分层治疗的分子亚型[CLARK DJ,DHANASEKARAN SM,PETRALIA F,et al.Integrated proteogenomic characterization of clear cell renal cell carcinoma.Cell,2019,179(4):964-983,e31.]。

蛋白表达水平和信号通路的异常是肿瘤最常见的特征，近些年来的研究表明，相比于仅通过基因组分析，蛋白组和修饰组包含了更多基因无法识别的新信息，这一观察引出了蛋白基因组学的概念，综合多组学数据的分析能够更全面的认识肿瘤，也为肿瘤未来的精准治疗提供了新的思路和方向。

肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)是世界十大常见的癌症之一，其中75%为ccRCC并占据了RCC死亡的绝大部分，具有典型的Warburg表型。为了阐明驱动ccRCC功能模块失调的原因，CPTAC研究团队分析了103例未经治疗的ccRCC肿瘤样本以及80个配对的癌旁正常组织样本，使用质谱法鉴定了总共11 355种蛋白质和42 889种磷酸肽，其中所有样品中定量了7 150种蛋白质和20 976种磷酸肽，并将这些数据与全基因组测序、外显子组测序、总RNA测序和DNA甲基化进行结合分析。基因组分析确定了与基因组不稳定性相关的独特分子亚组，蛋白质组学的整合识别了受基因组改变影响的细胞机制蛋白质失调，包括氧化磷酸化相关的代谢、蛋白质翻译过程和磷酸化信号模块。

RCC分子亚型：基于RCC肿瘤微环境的细胞组成分析，并结合转录组学、蛋白质组学的基因表达富集特征和细胞信号传导分析，根据肿瘤免疫分型规则，CPTAC研究团队将ccRCC分为4个免疫分子亚型：①CD8+炎性；……