甘薯、番茄、拟南芥中SPL转录因子的生物信息学分析
2021-11-19荣誉磊周志林赵冬兰唐君彭湘君赵玉琪宗凯吕亚宁姚改芳胡康棣张华
荣誉磊 周志林 赵冬兰 唐君 彭湘君 赵玉琪 宗凯 吕亚宁 姚改芳 胡康棣 张华



摘要:对甘薯、番茄、拟南芥中63个SPL基因家族进行了系统进化树分析、保守蛋白基序(Motif)分析,筛选归纳出同源性较高的2个分支的12个SPL基因进行理化性质分析、核定位预测等,氨基酸序列比对结果表明这些基因的功能可能较为保守。通过对番茄中的SPL基因Solyc05g015510.2、Solyc10g078700.1进行表达量分析,发现这2个基因可能参与调控果实成熟衰老进程。另外,通过对非生物胁迫下的转录水平进行分析得知,拟南芥中的AT5G43270可能参与对盐胁迫、热胁迫条件下的响应,AT1G27360、AT1G27370可能参与热胁迫条件下的响应,AT2G42200可能参与冷胁迫条件下的响应,而AT3G57920在非生物胁迫条件下表达量没有特别明显的变化,表明AT3G57920可能不参与非生物胁迫下的响应。
关键词:SPL转录因子家族;番茄;甘薯;拟南芥;生物信息学
中图分类号: S188 文献标志码: A
文章编号:1002-1302(2021)20-0074-10
收稿日期:2021-03-08
基金项目:国家重点研发计划(编号:2019YFD100070、2019YFD100071、2019YFD1001300、2019YFD1001303);现代农业产业技术体系项目(编号:CARS-10-B1);国家自然科学基金(编号:31670278、31970200、31970312、31901993、31872078);安徽省科技重大项目(编号:16030701073);中央高校基础研究基金(编号:JZ2018HGTB0241、JZ 20181)。
作者简介:荣誉磊(1992—),男,安徽阜阳人,硕士,研究方向为采后生物学。E-mail:990953597@qq.com。
通信作者:胡康棣,博士,副教授,研究方向为采后生物学,E-mail:kangdihu@hfut.edu.cn;张 华,博士,教授,研究方向为植物分子生物学,E-mail:hzhanglab@hfut.edu.cn。
植物基因转录水平的调控发生在基因表达的初期,是许多基因表达调控的主要方式。在此调控过程中,被称为转录因子的蛋白质特异结合到靶基因启动子,控制着一系列相关基因的表达[1-2]。……
