玉米抗感粗缩病重要miRNA及其靶基因的诠释
2021-11-19吴斌崔汉青张眉邵春国姜珊珊郭霞徐德坤王升吉
吴斌 崔汉青 张眉 邵春国 姜珊珊 郭霞 徐德坤 王升吉



摘要:借助高通量测序和生物学分析手段,筛选不同抗性品种间的差异表达miRNA,预测相关靶基因。对玉米抗、感粗缩病不同种质材料高通量测序鉴定出的差异miRNA的靶基因,在Genome、Gene Ontology等生物信息数据库中进行比对,同时做GO(Gene Ontology,简称GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,简称KEGG)富集性分析。从某些相关差异miRNA的靶基因及其作用位点的有关GO ID及其生物学功能注释中,发现一些可能与玉米粗缩病抗性有较大关系的miRNA,如zma-miR156a、zma-miR156k、zma-miR1432等;通过进一步的miRNA靶基因KEGG富集性分析,获得代谢通路ID,根据其生物功能注释,推测也有一定数量的miRNA与玉米种质抗(感)病相关。结合所涉差异miRNA在玉米抗、感种质接毒前后上、下调的表现,对这些重要miRNA靶基因可能涉及粗缩病的致病机制或玉米抗性相关的GO ID、KEGG通路ID所蕴含的功能进行了诠释。研究旨在探明抗病相关miRNA通过靶向作用其靶基因,在抗病过程中可能发挥的重要生物学功能和作用途径,研究结果可为探讨玉米抗粗缩病的抗病机制研究奠定理论基础。
关键词:玉米粗缩病;差异miRNA;高通量测序;靶基因;富集分析
中图分类号:S435.13 文献标志码:A
文章编号:1002-1302(2021)20-0064-06
收稿日期:2021-02-11
基金项目:山东省重点研发计划(编号:2018GSF121029);国家重点研发计划(编号:2018YFD0200603);山东省农业科学院农业科学创新工程(编号:CXGC2016B11-绿色防控)。
作者简介:吴 斌(1986—),男,山东临清人,博士,助理研究员,主要从事植物病毒学研究。E-mail:wubin228@126.com。
通信作者:王升吉,硕士,研究员,主要从事植物病毒学研究。……
